На рубеже XIV – XV вв. в Москву приехал Стефан Васильевич, сына которого – Григория – прозвали «Ховра», то есть неопрятный, от него и пошло название местности.
В 1585 г. Ховрино принадлежало Третьяковым, после владельцем был В.Б. Шереметев. Потом усадьба переходила из рук в руки, пока не попала в Казну. Петр I подарил село Ф.А. Головину, а от него по наследству Ховрино перешло к сыну Николаю и осталось в руках Головиных до тех пор, пока его внучка Екатерина Барятинская не продала имение Н.П. Оболенскому.
Усадебный ансамбль с парком был устроен в середине XVIII в. Центром композиции служил деревянный господский дом, с юго-запада к нему подводила подъездная аллея. С противоположной стороны дома партер спускался к мосту через речку Лихоборку. Широкая аллея на другом берегу реки продолжала главную ось усадьбы. В Отечественную войну 1812 года село было разграблено, а усадьба сгорела. В 1818 г. село было разделено между Н.А. Столыпиной и полковником Л.И. Жемчужниковым. В 1859 г. П.Л. Жемчужников продает Ховрино московскому миллионеру Е.В. Молчанову, который разбивает в усадьбе парк, ставит беседки, гроты, отделывает трехэтажный дом и выстраивает несколько флигелей. После его смерти вдова в 1879 г. продала почти все поместье купцу С.Е. Панову. Он порой имел дело с уголовниками, часто фигурировал в скандалах. Пожары не были в селе редкостью, и в 1884 г. усадьба сгорела вновь.
В 1895 г. усадьбу приобрел купец М.С. Грачёв. За два года он привел имение в порядок: расчистил парк, обновил хозяйственные постройки. В 1900 г. архитектором Г.А. Кайзером по проекту Л.Н. Кекушева был построен дворец, напоминавший игорный дом в Монте-Карло. Этому источнику дом в Ховрине обязан активной ролью башенок и ризалитов со сложными кровлями, чешуйчатыми гранеными куполами с люкарнами, широким использованием скульптуры и лепнины в наружном убранстве. На рубеже веков в Ховрине собирался цвет интеллигенции: здесь писал свои картины К.В. Лемох, приезжали В.А. Гиляровский, А.Н. Толстой, В.Я. Брюсов. После революции в усадьбе открылся туберкулезный санаторий для женщин. Перед самой войной он был перепрофилирован в кумысолечебницу, а во время войны здесь был госпиталь для тяжелораненых. После войны в усадьбу перевели Московскую областную физиотерапевтическую больницу.
