Старообрядческий Рогожский поселок пережил многое: до революции он находился под пристальным вниманием властей и официальной церкви, после революции ощутил на себе антирелигиозную политику советского государства. И все же он выстоял. Посреди него уже более 220 лет возвышается огромный кафедральный собор Покрова Пресвятой Богородицы. Однако задумывался он в ином облике и с особыми целями.

Сформировавшийся вокруг Рогожского кладбища поселок отсчитывает свою историю с 1771 года, когда во время московской эпидемии чумы с разрешения графа Г.Г. Орлова старообрядцам было дозволено создать за Рогожской заставой, неподалеку от Владимирской дороги, свое кладбище со старообрядческой молельней для организации борьбы с распространением болезни. Название произошло от направления Нижегородского тракта на село Рогожь, существующее сегодня как подмосковный город Ногинск. После окончания эпидемии старообрядцы остались на этом месте, создали с разрешения Екатерины II поселок и начали строительство богадельни с двумя храмами – летним во имя Покрова Богородицы и зимним во имя Рождества Христова.

Рогожский поселок стал главным центром московских старообрядцев-поповцев (то есть имевших свою священническую иерархию), поэтому и новый собор предполагалось создать «в пику» Кремлевскому Успенскому собору: Покровский храм проектировался пятиглавым, напоминающим по своим очертаниям собор в Кремле и при этом более крупным по площади и вместительности. Тем самым старообрядцы провозглашали свое главенство и объявляли соперничество с официальной церковью. Однако власти быстро узнали об этом плане и вмешались: под давлением старообрядцы были вынуждены изменить первоначальный проект, сделать собор одноглавым, отказаться от алтарных апсид и уменьшить его длину. Итоговый проект, разработанный архитектором М.Ф. Казаковым, представлял собой обширный храм, выдержанный в классицистическом стиле. Внутри были выполнены четырехъярусные иконостасы с классицистическими колоннами, состоявшие из древних икон, пожертвованных состоятельными членами общины. Такими же старинными были Напрестольное Евангелие, богослужебные книги, утварь. Кроме главного Покровского престола в храме существовало два придела: северный во имя святого Николая Чудотворца и южный – преподобного Сергия Радонежского.

В 1856 году на волне усиления гонений на старообрядчество со стороны властей алтари церквей на Рогожском кладбище были запечатаны, после чего в течение 49 лет они использовались только как часовни. Ситуация изменилась только в 1905 году, когда была объявлена веротерпимость, а старообрядцам дозволено открыто исповедовать свою веру и строить собственные храмы. Алтари были тогда же распечатаны, с тех пор служба в Покровском соборе более не прерывалась. В 1920-х годах было несколько попыток закрыть храм уже со стороны советской власти, однако он остался действующим. К середине 1930‑х гг. почти все старообрядческие храмы в Москве были закрыты. Предпринимались попытки отобрать и этот храм, превратив его в театр. Однако в Покровском соборе в отличие от остальных никогда не прекращались богослужения.

С 2007 г. реставрационно-строительный концерн «Возрождение» приступил к реставрационным работам в храме. Была восстановлена кирпичная кладка проемов, южной, северной и западной папертей. Реставрация кладки белокаменного цоколя включала в себя переборку, докомпоновку и расчистку с последующей тонировкой. В процессе реставрации фасадов были восстановлены пояски, наличники и каннелюры. На ротонду храма возвратился позолоченный крест. Также была проведена реставрация монументальной живописи храма площадью около 4000 кв. м, закреплен отстающий красочный слой после удаления загрязнений и плесени. Реставрационные работы завершились в марте 2012 г.

В 2012 году объект стал лауреатом конкурса Правительства Москвы на лучший проект в области сохранения и популяризации объектов культурного наследия "Московская реставрация".