Село Братцево располагалось в окрестностях устья реки Сходни (Всходни) при впадении в нее речки Братовки. Первое упоминание о нем относится к началу XVII века. Среди дошедших до нас имен владельцев: дьяк Посольского приказа А. Иванов, дьяк И.Н. Зубов и его потомки.

В 1657 году небольшая и небогатая деревня Братцево перешла в собственность боярина Богдана Матвеевича Хитрово, приближенного царя Алексея Михайловича. Хитрово руководил Оружейным приказом и приказом Большого дворца. Он много занимался благоустройством Братцева, при нем была выстроена каменная церковь Покрова Пресвятой Богородицы.

В 1695 году село, отошедшее к дворцовому ведомству, было пожаловано Кириллу Алексеевичу Нарышкину. Ни сам Нарышкин, ни унаследовавший Братцево его сын Семен Кириллович, не интересовались подмосковным владением, пришедшим за эти годы в упадок. В середине XVIII века в результате генерального межевания земель село Братцево вошло в Воскресенский уезд Московской губернии. До 1917 года оно вместе со Спас-Тушино, Павшино, Рождествено-Путилково, Гаврилково, Куркино-Барашки, Соколово, Машкино и Юрьево входило в состав «дач», принадлежавших как частным владельцам, так и общинам деревень.

С 1770 года усадьба принадлежала племяннику А.К. Нарышкина графу Александру Сергеевичу Строганову, просветителю и меценату, президенту Императорской академии художеств, занимавшемуся «проектами украшения столицы и городов». Однако сам граф в Братцево практически не бывал. Усадьбу Строганов передал жене – Екатерине Трубецкой, оставившей его ради бывшего фаворита Екатерины II И.Н. Римского-Корсакова.

Именно Е.П. Строганова-Трубецкая в конце XVIII века выстроила на высоком берегу Сходни новый усадебный комплекс в стиле зрелого классицизма с композиционными приемами и мотивами палладианской архитектуры. Двухэтажный каменный квадратный в плане главный дом с куполом имел 4 входа. Главный и парковый входы выделены двумя парами колонн ионического ордера, поддерживающими балконы. Архитектурно-художественное решение фасадов характерно для загородной усадебной архитектуры начала XIX века: полуциркульные окна, террасы, украшенными балюстрадой с вазами, полуциркульные боковые ротонды с кариатидами. Перед главным входом стояла мраморная скульптура «Амур и Психея».

Внутреннее убранство главного дома было насыщено лепным декором и плафонными росписями. Круглый зал на втором этаже был украшен колоннами с коринфскими капителями и кессонированным куполом с большим световым отверстием в центре. Роспись плафонов 3-х залов первого этажа предположительно принадлежала художнику Д.Б. Скотти, плафон столовой был расписан в 20-е гг. XIX века.

Усадебный парк сочетал в себе лесные участки и открытые пространства. Со стороны западного фасада главного дома, обращенного на заливной луг, открывался вид на каскад прудов, наполнение которых осуществлялось из реки Братовка, а сброс – в р. Сходню. 10-колонная беседка-ротонда «Миловида» с кессонированным куполом и скульптурой Амура в центре служила украшением живописного парка.

После смерти графини Строгановой в 1815 г. усадьбу унаследовал И.Н. Римский-Корсаков и их незаконнорожденный сын – Василий Николаевич Ладомирский. Похоронив отца в 1831 г. склепе у Братцевской Покровской церкви, Ладомирский и его жена Софья Федоровна, урожденная Гагарина, стали владельцами поместья. В фамильном склепе Братцевского храма похоронены многочисленные представители рода Ладомирских, Кологривовых и Апраксиных, связанных между собой родственными узами и в разное время владевших усадьбой.

За последнюю четверть XIX века на территории Братцева появились краснокирпичная водонапорная башня (стр. 7), оранжерея и погреб. Чуть раньше со стороны главного (восточного) фасада вдоль подъездной липовой аллеи был выстроен деревянный жилой дом (стр. 9). Поместье принадлежало в это время князю Н.С.Щербатову, одному из первых руководителей Исторического музея в Москве, и его жене С.А. Апраксиной. Щербатов возглавлял музей до марта 1921 г. Свои дни он окончил в келье Новодевичьего монастыря в 1929 г., там же он и был похоронен. Его дочь, Мария Николаевна, также была увлечена историей. В 1910 году она выпустила каталог "Материалы для справочной книги по русским портретам". После революции М.Н. Щербатова с семьей эмигрировала во Францию.

На территории усадьбы также сохранились Большой и малый мосты, северный (стр. 4), центральный (стр.2) и южный (стр. 3) флигели хозяйственного двора, а также здание овощехранилища (стр. 1). После революции в усадьбе располагалась больница, а в 1936 г. - дом отдыха. В это время по проекту архитектора А. Варшавера к зданию пристроили боковые одноэтажные флигели и застеклили колоннады у боковых входов. С конца 1940-х до конца 1950-х здание находилось в ведении Министерства Морфлота СССР, а с 1959 г. – Минздрава РСФСР.

При строительстве Московской кольцевой автодороги в 1960 г. исторические территории усадьбы Братцево были разделены, часть парка и суконная фабрика остались за пределами трассы. В 1980 году село Братцево было снесено, а живописная усадьба и сегодня одна из главных достопримечательностей северо-западного района Москвы.

В 2021 году началась комплексная реставрация овощехранилища в усадьбе Братцево.