Впервые деревянная церковь в Ямской слободе упоминается в начале XVII века. В официальных документах храм носил имя апостолов Петра и Павла, но в народе его называли «церковью Флора и Лавра на Зацепе», по устроенному приделу в честь мучеников Флора и Лавра, которые почитаются на Руси как покровители домашних животных, в особенности лошадей. По Коломенско-Ямской слободе, где стоял храм, проходила таможенная граница города. По преданию, вдоль улицы была протянута цепь, и возы «за цепью» продвигались для осмотра к таможне. Отсюда название Зацепа.

В 1738 году деревянная церковь сгорела дотла, а через несколько лет на деньги общины на этом месте был построен каменный храм, который стал центром религиозной и культурной жизни ямской слободы. В 1835 году по проекту архитектора Ордерова (Орденова) к храму были пристроены приделы в стиле ампир, трапезная и колокольня. В 1861—1862 годах был возведен новый четверик. В память 500-летия блаженной кончины преподобного Сергия Радонежского, при храме была открыта церковно-приходская школа. Храм считался самым богатым в этой местности, а после революции сюда свозились иконы из церквей, подлежащих сносу или закрытию.

      

В 1938 году храм был закрыт. В здании разместили цех фабрики металлографических и граверных работ. Интерьеры были уничтожены, внутреннее пространство разделили на этажи, сбили главу и взорвали колокольню, разрушив ее до первого яруса. Окружающая застройка полностью исчезла, включая бывший дом причта, стоявший с севера. Вокруг церкви был устроен разворотный круг трамваев. Из-за вибрации здание получило трещины, ядовитые испарения вредили стенам, а земля была заражена вредными отходами.

Валерий Страхов рассказал о возрождении храма и проведенных на нем ремонтно-реставрационных работах. В 1960 году здание храма было признано памятником архитектуры и поставлено под государственную охрану, однако продолжало использоваться для производственных целей.

К 850-летию столицы реставраторы вернули церкви ее исторический облик, восстановив главу и колокольню. В 2015-2016 годах были проведены ремонтно-реставрационные работы на фасадах. Кровля купола колокольни была расчищена и покрашена, докомпонованы утраченные фрагменты. По результатам этих работ Храм стал лауреатом конкурса «Московская реставрация-2016» в номинации «За лучшую организацию ремонтно-реставрационный работ».

      

Валерий Страхов обратил внимание профессиональных экскурсоводов – участников экскурсии на храмовую роспись, сюжеты и художественные приёмы, использованные при ее создании. В феврале 2018 года закончились работы по монументальной живописи на стенах церкви, и храм вновь предстал во всей красе перед его посетителями и прихожанами. Участники нашей экскурсии увидели также крестильную начала XX века, расположенную в храмовой пристройке.

Завершилась экскурсия встречей со старостой храма, которая поделилась воспоминаниями о том, как проходила реставрация, и каким был Храм до реставрации. Она показала архивные фотографии, наглядно показывающие объем проведенных на объекте работ.