Храм построен стольником Федором Косьминым и освящен в 1688 году во имя апостола Филиппа. Церковь и дала имя Филлиповскому переулку, на котором она находится. По преданию митрополит Филлипп Колычев выступил против зверств Ивана Грозного и поплатился за свою смелость – был задушен опричником Малютой Скуратовым. В XVII веке церковь была приходской для находящейся здесь Иконной слободы.
С течением времени здание церкви неоднократно перестраивалось, а главный ее престол был освящен в честь праздника Воскресения Словущего. Самая большая перестройка была в середине XIX века и к небольшому четверику основной церкви пристроили широкую трапезную. Сейчас от старинного храма практически без перестроек осталась шатровая колокольня с одним ярусом слухов.
В 1989 году при храме открылось представительство иерусалимского патриарха.
