В XVIII–XIX веках при строительстве или переустройстве городских усадеб под больничные комплексы в них предусматривалась домовая церковь. Однако отпевание усопших в церкви, находящейся непосредственно рядом с палатами больных, создавало гнетущую обстановку, кроме того, могло способствовать распространению инфекции. Поэтому в конце XIX столетия вошло в практику строительство на территории больницы отдельно стоящих часовен, предназначавшихся для «оставления в них на ночь и последующего отпевания скончавшихся больных».

В 1925 году церковь упразднили. Впоследствии строение было приспособлено под столовую, а затем в нем разместили больничную котельную. До недавнего времени о ней напоминала высокая кирпичная труба, стоящая у восточного фасада часовни. В эти годы интерьер был полностью уничтожен, воздвигнуты новые перегородки, оконные проемы заложены кирпичом, помещения отделаны кафелем. До ремонтных работ 1990 года часовня с западной стороны была закрыта деревянными пристройками. В процессе восстановительных работ на фасадах пристройки разобрали, раскрыв исторические арочные проемы первого яруса колокольни. До закрытия больницы в 2003 году помещение бывшей часовни использовалось как прачечная.

Реставрации подверглись фасады и интерьеры часовни. После замены стропильной системы сделано покрытие кровли из металла с устройством слухового окна. На предварительно расчищенном белокаменном цоколе с трех сторон основного объема здания восполнены утраты камня, выполнена домастиковка сколов и трещин. Белокаменные архитектурные детали главного фасада были также расчищены, их утраченные фрагменты – восстановлены. Установлены оконные блоки с белокаменными подоконниками.

Венчающий штукатурный карниз на основном объеме строения с трех сторон выполнен заново по деревянной конструкции с сохранением шага существующих гнезд. На глухом заднем фасаде, выходившем прежде на соседнее владение, карниз выполнен по металлическому каркасу. Наружные стены были гладко оштукатурены и окрашены. Был восстановлен также кирпичный оштукатуренный цоколь колокольни, на куполе колокольни установили крест. Реставрационные работы в интерьерах начались с демонтажа поздних перегородок и перекрытий, облицовки плиткой, существующих коммуникаций. После этого специалисты произвели вычинку и усиление кирпичных сводов, восстановили в кирпичной кладке историческую планировочную структуру часовни. Стены и своды были оштукатурены и окрашены.

Реставраторы восстановили первоначальный уровень пола с устройством солеи. Настилку пола сделали из песчаника. Столярные оконные и дверные заполнения выполнены по сохранившимся образцам и аналогам. 6 декабря 2015 года, в день празднования памяти святого благоверного князя Александра Невского, состоялось первое богослужение в возобновленном Александро-Невском храме, получившем высокий статус Патриаршего подворья.