В 1997 г. постановлением правительства Москвы «Мастерской П. Фоменко» было передано помещение бывшего кинотеатра «Киев» на Кутузовском проспекте. Это было два маленьких зала, которые вмещали не более 100 зрителей. Запись на некоторые спектакли шла на полгода вперед, потому что всех вместить не могли. В 2005 году при поддержке правительства Москвы и банка ВТБ началось строительство нового здания театра. К январю 2008 года театр перебрался в новое помещение на набережной Тараса Шевченко.

Новое многоуровневое здание театра размещается на высоком склоне Москвы-реки. На крыше здания располагаются газон и цветник. Здание облицовано натуральным камнем с использованием алюминиевых и стальных панелей. Внутреннюю обстановку театра оборудовали по требованиям самого Петра Фоменко. В театре две сценические площадки и два зала, рассчитанные на 450 и 150 мест. Большой зал — это классический театр с ложами, партером и амфитеатром. Трансформируемая авансцена позволяет устроить оркестровую яму или увеличить её глубину настолько, что действие спектакля может разворачиваться непосредственно в зале. В двухъярусном помещении малого зала установлен комплекс подъемно-спусковых механизмов и трансформируемые щиты, с помощью которых можно не только изменить габариты и пропорции зала, но и раскрыть его во внешнее пространство — на набережную и панораму Москвы-Сити.