История церкви святых Косьмы и Дамиана начинается в XIV веке, когда на этом месте была возведена первая деревянная церковь, которую в XVII веке заменили на каменную. Местность получила название в честь московского боярина Иоакинфа Шубы, владевшего этими землями.
Каменный храм святых Косьмы и Дамиана был возведён в 1626 году и стал важным духовным центром этого района Москвы. В 1722 году обветшавший храм был фактически отстроен заново.
Во время пожара 1812 года, когда большинство окрестных зданий было уничтожено, церковь чудом уцелела. В 1821-1824 годах были построены придел Воскресения Словущего и колокольня. Над проектом перестройки работал Александр Филиппович Элькинский. В 1840-1842 годах на средства купеческой семьи Борисовских была перестроена колокольня в псевдовизантийском стиле и добавлены новые декоративные элементы интерьера. Тогда же храм получил обновлённые росписи и иконостасы.
Спустя несколько лет после Октябрьской революции, в 1929 году храм закрыли, в 1933 году разрушили верхнюю часть колокольни. В 1950-е годы в здании церкви разместили книгохранилище Библиотеки иностранной литературы, которое пробыло здесь до 1966 года. Затем церковь превратили в типографию хозяйственного управления Министерства культуры СССР. Стены внутри храма покрасили масляной краской, но сделали так, чтобы храмовые фрески можно было восстановить позднее. Лишь в 1991 году Храм был передан Русской Православной Церкви.
