В 17 веке в этой части Замоскворечья располагалась государева Овчинная слобода, ведавшая шерстью и овчиной — ныне о ней напоминают названия Руновского и Овчинниковских переулков, каменные палаты и церковь Архангела Михаила.
Существующее каменное здание церкви было построено около 1662 года. Колокольня с восьмигранным ярусом звона и трапезная пристроены около 1700 года. Тогда же окна апсиды были украшены наличниками в стиле московское барокко, с колонками, увенчанные завитками в два яруса и шестиконечными православными крестами. Если внимательно приглядеться, то можно увидеть в квадратах под крестами изображения черепа с костями — символа «Адамовой главы».
Согласно архитектурным исследованиям, первоначально у церкви была не одна, а три главы, однако две из них позже сняли «за ветхостью». Существовала и «горка» кокошников под главами, они оказались утрачены в результате изменений перекрытий храма. Вопреки устоявшемуся названию, во имя Архангела Михаила освящён только южный придел, а главный престол создан во имя Покрова Богородицы. Позже остальных, в 1770 году, был освящён придел священномученика Харлампия.
В начале 1930-х годов церковь была закрыта. В её стенах размещались поочерёдно конторы, пекарня, общежитие, использовалась она и как подсобное помещение. От Среднего Овчинниковского переулка церковь оказалась отделена в 1955 — 1961 годах после возведения административного здания в Садовническом проезде по проекту архитекторов Г.И. Григорьева и Т.В. Владимирова. Внутреннее убранство оказалось полностью утрачено, лишь две иконы, одна из которых создана знаменитым иконописцем Симоном Ушаковым в 1652 году, попали в Третьяковскую галерея и таким образом были сохранены. В 1998 году в церкви возобновились богослужения, тогда же была проведена реставрация.
Existing stone church building was built around 1662. The bell tower with an octagonal tier dings and refectory was built around 1700. Then the windows of the apse were decorated with trims in Moscow baroque style, with columns topped with curls in two tiers and six-pointed Orthodox crosses. If you look closely, you can see in the squares under the cross image of the skull and crossbones the symbol of "Adam's head."
According to architectural studies, originally the church has not one, but three heads. Two of them later withdrew "because of decay." There was also a "hill" corbel under the heads, they were lost as a result of changes in the church ceilings. Contrary to popular title in the name of Archangel Michael consecrated just south chapel, and the high altar was created in the name of the Intercession of the Virgin. Later than the other, in 1770 a chapel of the Holy Martyr Harlampy was consecrated.
In the early 1930s the church was closed and the space was used to accommodate office, bakery, hostel and utility room. Church was separated from the Middle Ovchinnikovsky Lane in 1955 – 1961, after the construction of an administrative building in Sadovnichesky Passage by architects G.I. Grigoriev and T.V. Vladimirov. The interior decoration was completely lost, only two icons, one of which was created by the famous icon painter Simon Ushakov in 1652, came to the Tretyakov Gallery, and were thus saved. In 1998, the church services were renewed, at the same time restoration work was done.
