Еще в XVI в. за пределами Земляного города была основана Переяславская Ямская слобода. Вскоре тут появилась деревянная «церковь Иоанна Предтечи Усекновения честныя главы, по Переславской дороге, за Устретенскими вороты, в Гонной слободе» (первое упоминание — 1625 г.). В XVIII в. в связи с ликвидацией слободского уклада территория бывшей слободы была заселена представителями самых разных сословий.
В 1712 г. храм сгорел, но уже на следующий год на деньги благотворителей и прихожан был отстроен заново. Главный престол был освящен в честь иконы Божией Матери Знамение. А в 1757-1766 гг. вместо деревянного был выстроен каменный храм в формах позднего барокко.
В 1888 г. церковь перестроили: по сторонам двухсветного одноглавого четверика возвели два одинаковых придела (Усекновения главы Иоанна Предтечи и Николая Чудотворца) с гранеными апсидами, а трапезную увеличили с запада двумя дополнительными объемами и надстроили узким переходом со второго яруса колокольни на хоры. Внутри церкви, на южной стене трапезной над свечным ящиком, сохранилась памятная мраморная доска, сообщающая об этой перестройке. Здание храма приобрело современный вид. Благодаря тому, что на пристройках конца XIX в. были точно воспроизведены первоначальные барочные формы, храм не утратил своего стилистического единства, хотя и приобрел композиционную усложненность. До революции при Знаменском храме имелась богадельня и церковно-приходская школа.
После 1917 г. церковь осталась действующей. В интерьерах сохранились иконостасы 2-ой пол. XIX в. Здесь чувствуется намоленность.
В советское время сюда было передано большое количество икон и святынь из закрывавшихся московских храмов. В частности, в Знаменской церкви находится крест из разрушенной часовни у Крестовской заставы, поставленный в 1652 г. в память о встрече мощей св. Филиппа, митрополита Московского, а также деревянный крест-распятие XVIII в. из Страстного монастыря. С севера на клиросе главного храма находится икона Божией Матери Знамения с частицами мощей Святого Трифона (список XIX в. с новгородской иконы XVI в.), перенесенная из церкви Трифона в Напрудном. Еще одна святыня — икона святых Адриана и Наталии — была перенесена сюда из закрытого храма свв. Адриана и Наталии в Мещанской слободе.
На колокольне сохранились старые колокола. Сохранилась и церковная ограда, построенная в XIX в.
В 1979 г. храм был внешне отремонтирован. В 1980 г. по благословению Патриарха Тихона был освящен приставной престол во имя св. мч. Трифона. Новый престол был изготовлен из 250-летнего дуба прихожанином — столяром-краснодеревщиком В.И. Кудиновым. Несколько лет спустя был выстроен новый церковный дом. В 1997 г. освящен каменный крестильный храм во имя сщмч. Александра Хотовицкого.
Община храма окормляет районное общество слепых.
Церковь является объектом культурного наследия федерального значения и стоит на государственной охране.
The church burned down in 1712, benefactors and parishioners collected money to rebuilt it next year. The main altar was consecrated in honor of the Mother of God of the Sign. Stone church in late baroque forms was built instead of a wooden one in the years 1757-1766.
The church was rebuilt in 1888: two identical chapels were erected ( Beheading of St. John the Baptist and St. Nicholas ) with faceted apse and refectory increased from the west, and two additional volumes were built on a narrow passage from the second tier belfry to the choir double-height domed on both sides of the quadrangular. Commemorative marble plaque that tells about this makeover is preserved inside the church, on the south wall of the refectory of the candle table. The temple building acquired a modern look.
Temple has not lost its stylistic unity, although acquired compositional complexity due to the fact that the original baroque forms were accurately reproduced on the outbuildings at the end of XIX century. Hospice and parochial school were open under the patronage of the Sign temple Before the revolution.
The church remained functioning after 1917. The iconostases of second half of the XIX century are preserved in the interiors. One can sense the well-prayed atmosphere of the church.
A large number of icons and shrines of Moscow's closed churches were transferred here during the soviet times. In particular, the cross of the ruined Krestovskaya outpost chapel erected in 1652 in memory of the meeting of the relics of St. Philip, Metropolitan of Moscow, as well as a wooden crucifix cross of XVIII century from the Strastnoy monastery are in the Church of the Sign of the Holy Virgin. The icon of Our Lady of the Sign with relics of Saint Tryphon (the copy of the Novgorod icon of the XVI century made in the XIX) transferred from the church of Trifon in Naprudnoe is in the north to the choir of the main temple. Another relic- the holy icon of Adrian and Natalia - was moved here from the closed church of Sts. Adrian and Natalia in Meshchanskaya settlement.
Old bells on the bell tower and the church’s fence, built in the XIX century are preserved.
The church was renovated externally in 1979. Additional throne was consecrated in the name of St. Tryphon, the great martyr with the blessing of Patriarch Tikhon in 1980. The new altar was made of 250 -year-old oak by V.I. Kudinov, the parishioner – cabinetmaker. The new church house was built several years later. A stone baptismal church was consecrated in the name of heir martyr Alexander Hotovitzky in 1997.
Community church ministers the District Association of the Blind.
The church is an object of cultural heritage of federal importance and it is under the State protection.
