Домовладение, ныне известное как № 5 по Чистому переулку, сложилось ещё в XVIII веке. Его первым известным владельцем был капитан Артемий Алексеевич Обухов. По его фамилии переулок в течение долгого времени назывался Обуховским, и лишь позднее получил современное имя. В конце XVIII столетия усадьба перешла к дворянскому роду Офросимовых, занимавших заметное положение в московском обществе.

В начале XIX века владельцем усадьбы стал генерал-майор Павел Афанасьевич Офросимов. После его смерти домом распоряжалась его супруга Анастасия Дмитриевна — фигура, хорошо известная современникам. Её характер, манеры и уклад жизни неоднократно становились предметом воспоминаний и нашли художественное отражение в русской литературе. Образы, навеянные этой московской барыней, можно узнать в произведениях А.С. Грибоедова (образ Хлёстовой) и у Л.Н. Толстого, который лишь слегка изменил фамилию прототипа (образ Марьи Дмитриевны Ахросимовой).

После пожара 1812 года участок был переустроен. Проект новой усадьбы разработал архитектор Ф.К. Соколов. Планировка соответствовала традициям старомосковского дворянского дома: главный корпус располагался в глубине владения, а по сторонам его обрамляли два флигеля. Все постройки были деревянными, с мезонинами и выразительными портиками, обращёнными к переулку. Такое решение подчёркивало статус владельцев и одновременно сохраняло камерный характер городской усадьбы.

Во второй четверти XIX века дом претерпел важные изменения. В 1847 году главный корпус был расширен за счёт кирпичных пристроек, что заметно увеличило его объём и сделало самым крупным зданием в переулке. Следующий этап преобразований пришёлся на 1878 год: фасад получил оформление, в целом сохранившееся до настоящего времени, была переработана внутренняя планировка, обновлены интерьеры, а над лестницей, ведущей в мезонин, появился стеклянный фонарь. Вдоль линии улицы установили ограду с массивными столбами, воротами и коваными решётками, окончательно оформив границы усадебного пространства.

Конец XIX века стал для дома периодом нового расцвета. В 1899 году усадьба перешла к Марии Ивановне Протопоповой, урождённой Четвериковой. Покупка была оформлена на её имя, что соответствовало купеческой традиции, тогда как фактическим приобретателем выступил её супруг — Степан Алексеевич Протопопов, мануфактур-советник и потомственный почётный гражданин Москвы. Он был известен не только как предприниматель и банкир, но и как деятель, активно участвовавший в благотворительных и церковных начинаниях. В 1892 году великая княгиня Елизавета Фёдоровна пригласила С.А. Протопопова в первый состав Совета учреждённого под её покровительством Елизаветинского благотворительного общества. На протяжении многих лет он также являлся старостой приходского храма Успения на Могильцах, находившегося неподалёку от его дома в Обуховском переулке.

К началу XX века усадьба представляла собой хорошо обустроенный городской комплекс. Главный дом — одноэтажный, на каменном фундаменте, с мезонином и антресолями — включал многочисленные жилые комнаты и служебные помещения. Антресольный уровень расширял полезную площадь, а подвальный этаж был отведён под хозяйственные нужды. Дом был оснащён современными для своего времени инженерными системами — отоплением, водопроводом и канализацией. За главным корпусом находились сад и хозяйственный двор с амбарами и служебными постройками.

Флигели выполняли разные функции. Левый был перестроен в каменный двухэтажный дом и сдавался состоятельным жильцам. Фасад главного здания, выходивший в переулок, украшал вензель «МП» — знак принадлежности усадьбы Марии Протопоповой. Как отражение жизни богатой купеческой семьи начала XX века дом вошёл в революционный период.

Перемены, произошедшие после 1917 года, привели к смене функций многих московских особняков, и дом в Чистом переулке не стал исключением. Частная усадьба утратила прежний статус и начала использоваться для размещения жилых помещений и учреждений. В начале 1920-х годов здание оказалось вовлечено в новую для себя сферу — дипломатическую.

В 1922 году, одновременно с переименованием Обуховского переулка в Чистый, домовладение было передано в распоряжение Народного комиссариата иностранных дел. Особняк стал резиденцией главы германской дипломатической миссии в Москве. Такое назначение во многом определялось характером здания: камерный масштаб, уединённое положение и развитая внутренняя планировка делали его удобным для представительских и рабочих задач.

Первым послом, поселившимся в Чистом переулке, стал Ульрих фон Брокдорф-Ранцау — крупный дипломат и государственный деятель, ранее занимавший пост министра иностранных дел Германии. Его пребывание в Москве пришлось на период активного выстраивания новых международных отношений. В доме часто проходили деловые встречи и продолжительные беседы, которые нередко выходили за рамки официальных переговоров. Известно, что хозяин резиденции уделял большое внимание интеллектуальной стороне общения: разговоры касались истории, философии, культуры, европейской политики.

После смерти Брокдорф-Ранцау в 1928 году резиденцию занял Герберт фон Дирксен. Впоследствии он оставил подробные воспоминания, в которых описал московский особняк как спокойный и удобный дом в тихом переулке. Он отмечал скромность архитектуры, продуманную внутреннюю организацию помещений, наличие столовой, рассчитанной на официальные приёмы, и небольшого сада, позволявшего сохранять ощущение частного пространства в пределах большого города. Дом воспринимался им скорее как уединённая городская вилла, чем как парадная резиденция.

В период пребывания фон Дирксена дом в Чистом переулке стал местом регулярных встреч представителей иностранного дипломатического корпуса. Здесь устраивались официальные обеды, музыкальные вечера, камерные приёмы. Хозяин резиденции занимал почётное положение старшины дипломатического корпуса, что придавало этим встречам особый статус. При этом характер общения оставался сдержанным и соответствовал дипломатическому этикету времени.

В 1933 году главой германской миссии в Москве был назначен Рудольф Надольный. Его пребывание в столице оказалось непродолжительным, и уже через год резиденцию занял граф Фридрих Вернер фон дер Шуленбург. Он принадлежал к старинному немецкому роду и воспринимался современниками как осторожный и выдержанный дипломат, стремившийся к поддержанию формального порядка и стабильности в работе миссии. При нём особняк в Чистом переулке продолжал выполнять представительские функции, оставаясь одним из заметных адресов дипломатической Москвы.

Внутреннее устройство дома в этот период практически не изменялось. Планировка, сложившаяся ещё в конце XIX века, позволяла сочетать жилые комнаты с залами для переговоров и приёмов. Особняк сохранял черты частного дома, что выгодно отличало его от более парадных зданий дипломатического назначения и способствовало неформальной, но сдержанной атмосфере общения.

К началу 1940-х годов международная обстановка изменилась, и дипломатическая деятельность в Москве стала постепенно сворачиваться. Резиденция в Чистом переулке утратила своё прежнее назначение. Вскоре для здания была определена новая роль, открывшая следующий значимый этап его истории.

С осени 1943 года усадьба в Чистом переулке получила новое назначение и стала резиденцией Московской Патриархии объединив в своих стенах богослужебную, административную и представительскую функции. С этого момента усадьба превратилась в одно из ключевых пространств церковной жизни столицы.

Уже в первые недели после передачи здесь прошли важные церковные события. В сентябре состоялся Собор епископов, на котором митрополит Сергий был избран Патриархом Московским и всея Руси. Вскоре резиденция приняла и первых зарубежных гостей — представителей Англиканской церкви. Эти визиты обозначили новое значение дома как места межцерковного общения и официальных приёмов.

Внутреннее пространство усадьбы было переосмыслено с учётом новых задач. В главном доме разместили Крестовый храм во имя Владимирской иконы Божией Матери, зал заседаний Священного синода, получивший название Красного зала, а также рабочие помещения и личные покои Патриарха. В одноэтажном корпусе в глубине участка расположились службы Московского епархиального управления, синодальные отделы и хозяйственные подразделения. При этом архитектурная основа здания, сформированная ещё в XIX веке, в целом сохранялась.

Весной 1944 года дом стал местом прощания с Патриархом Сергием. В последующие месяцы здесь проходили заседания Священного синода и Архиерейские соборы, готовившие Поместный собор. В феврале 1945 года новым Патриархом был избран митрополит Алексий, который вскоре поселился в резиденции. В эти годы дом в Чистом переулке окончательно утвердился как центр церковного управления.

Послевоенный период характеризовался насыщенной внутренней жизнью резиденции. Богослужения в Крестовом храме отличались камерным характером, а заседания и приёмы проходили в обстановке, соединявшей строгость и домашний уклад. Современники оставили подробные описания интерьеров, маршрутов внутри дома, распорядка дня и приёма посетителей. Резиденция была одновременно рабочим пространством, местом молитвы и домом Патриарха.

Крестовый храм первоначально имел весьма сдержанное убранство: алтарь отделялся тканевой преградой, иконостас появился лишь позднее. В соседних помещениях хранились богослужебные облачения. Со временем часть комнат была переоборудована: ризница стала гостиной, получившей название Белого зала, а в левом ризалите разместилась личная библиотека Патриарха. Приёмная соединялась с рабочим кабинетом и имела выход в небольшой сад, который также входил в повседневный маршрут обитателей дома.

Антресольный и мезонинный уровни использовались под рабочие кабинеты и жилые помещения. Здесь трудились сотрудники канцелярии, размещались комнаты для хранения документов, наград и подарков. В подвале находились кухня и трапезная для персонала. Такое сосредоточение множества функций в пределах одной городской усадьбы со временем стало создавать сложности, и руководство Патриархии начало искать возможности расширения.

В конце 1940-х годов часть подразделений была переведена в другие здания Москвы. Епархиальное управление разместилось в Лопухинском корпусе Новодевичьего монастыря, туда же переехала редакция «Журнала Московской Патриархии». Освободившиеся помещения во дворе усадьбы использовались для размещения гостей и архиереев, приезжавших по церковным делам.

Завершение формирования комплекса произошло значительно позже. В 1983 году Московская Патриархия получила в пользование правый флигель усадьбы, исторически связанный с владением. После освящения здесь разместились административные структуры Патриархии. К концу 1980-х годов, в связи с юбилеем Крещения Руси, была создана новая официальная резиденция в Даниловом монастыре. Дом в Чистом переулке при этом сохранил статус рабочей резиденции.

В последние десятилетия XX века и в начале XXI столетия здание продолжает выполнять представительские и административные функции. Здесь проходят заседания, встречи, церемонии и наречения в епископы.