Церковь Троицы в Вишняках впервые упоминается в1642 году как деревянная, расположенная в стрелецкой слободе. А в 1678 году стрельцами «Матвеевского приказа Вишнякова» она была отстроена в камне в память о погибших при осаде Чигирина товарищах. Поэтому и переулок, на углу которого стоит храм, носивший до 1922 года название Лужниковского (или Лужнецкого), был переименован при ликвидации одноимённости московских улиц и переулков в Вишняковский.
Судьба самого Матвея Михайловича Вишнякова – стрелецкого головы –драматична. Во время стрелецкого бунта 1682 года Вишняков был отправлен в отставку, а вскоре взят под стражу вместе со своим отцом дьяком Михаилом Вишняковым. Оба были пытаны. Отец под пыткой скончался, а Матвея Михайловича постригли в монахи и сослали. Дальнейшая судьба его неизвестна.
В начале XIX века Троицкая церковь была полностью перестроена на деньги купца Семёна Лонгиновича Лепёшкина, усадьба которого находилась напротив храма. Семен Лепешкин был купцом 1-ой гильдии, коммерции советником, потомственным почетным гражданином, и три года с 1846 по 1849 – московским городским головой. Во время службы Лепёшкина Московское купеческое общество создало особый общественный денежный капитал, который предназначался на покупку в неурожайные годы хлеба. Были собраны пожертвования на иллюминирование Красной площади и Гостиного двора «по случаю празднования 700-летия Москвы», была учреждена лечебница «на случай появления в Москве холеры». Храм был готов к освящение, но до нашествия Наполеона храм освятить не успели. После ухода французов церковь пришлось ремонтировать.
В 1826 году к церкви была пристроена новая прекрасная колокольня в классическом стиле. В конце XIX столетия храм обновлялся. Звон колоколов Троицкой церкви явился, по признанию знаменитого звонаря-виртуоза К. К. Сараджева, сильнейшим потрясением его детства. Эти колокола во многом предопределили его дальнейшую судьбу.
В 1922 году Троицкий, как и все московские храмы, был ограблен новой властью, из него изъяли «19 пудов 18 фунтов ¼ золотника золотых и серебряных изделий». Вскоре после этого церковь была закрыта, снесён домик причта и павильон на углу с переулком. В здании попеременно размещались различные конторы. Последним, в 1980-х годах, здесь находился отдел кадров некоего «Московского конструкторского технического бюро». В 1991 году храм первым в Замоскворечье был возвращён верующим. Сегодня церковь – храм православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Все убранство интерьера выполняют преподаватели и студенты факультета церковных художеств университета. В алтаре выложена мозаика из смальты лучших производителей в византийском классическом стиле.
During the archer's riot in 1682, Vishnyakov was sent into retirement, and was soon taken into custody along with his father, the deacon Mikhail Vishnyakov. Both were tortured. The father died under torture, and Matvei Mikhailovich was tonsured and sent to the monks. His further fate is unknown.
At the beginning of the XIX century Trinity church was completely rebuilt at the expense of merchant Semen Longinovich Lepeshkina. His estate was located across the street from the church. Semen Lepeshkin was a merchant first guild, commerce adviser, hereditary honorary citizen, and three years from 1846 to 1849 he was the Moscow mayor. Moscow merchant society created a special public money capital, which intended for the purchase of bread in the lean years During the Lepeshkin time in the office. There were collected donations for illuminating the Red Square and Gostiny Dvor "on the occasion of the celebration of the 700th anniversary of Moscow", a clinic was established "in case of the appearance of cholera in Moscow". The temple was ready for consecration, but before the invasion of Napoleon the temple was not able to be consecrated. After the departure of the French, the church had to be repaired.
In 1826, a beautiful new bell tower in a classic style was added to the church. At the end of XIX century, the temple was remodeled. The bells of Trinity Church was, according to the famous bell-ringer K.K. Saradzhev, strong shock of his childhood. These bells largely predetermined his fate.
In 1922, the Holy Trinity temple, as well as all Moscow churches, was robbed by the new government, "19 pounds ¼ spool of gold and silver jewelry" taken from the church. Soon after this the church was closed, the house of the clergy and the pavilion on the corner with the alley were demolished. The building alternately housed various offices. The last, in the 1980s, was the personnel department of a certain "Moscow Design Technical Bureau". In 1991, the temple was first returned to the believers in Zamoskvorechye. Today the church is a temple of the Orthodox St. Tikhon Humanitarian University. All decoration of the interior is performed by teachers and students of the faculty of church arts of the University. In the altar there is a mosaic of smalt of the best producers in Byzantine classical style.
