Монастырь изначально был создан за пределами Москвы, в селе Высоком – отсюда и соответствующая приставка в его названии. Его основание связывается с именем митрополита Петра, перенесшего свою кафедру из Владимира в Москву в 1325 году. Расцвет обители приходится на 1680-1690-е годы, когда его главными жертвователями были Нарышкины – родственники Натальи Кирилловны, второй жены царя Алексея Михайловича и матери Петра I. Именно в это время формируется в целом существующий облик Высоко-Петровского монастыря.
С 1514 года сохраняется практически в неизменном виде собор митрополита Петра, по которому монастырь получил свое название. Небольшая столпообразная одноглавая церковь в плане представляет собой восьмилистник, крупные выступы которого направлены по сторонам света, а малые расположены между ними. Собор строился архитектором-итальянцем Алевизом Фрязиным – ранее таких церквей в Москве было несколько, схожим образом выглядел храм святой Варвары на Варварке, но до наших дней дошел только собор в Высоко-Петровском монастыре.
Монастырь был упразднен в 1926 году, но окончательно богослужения прекратились в 1929 году, когда был закрыт последний храм – Боголюбский. Здания оказались заняты различными конторами, бывшие нарышкинские палаты оказались в ведении Государственного Литературного музея. Возвращение богослужений началось в 1992 году, когда Сергиевский храм передали верующим, а в настоятельском корпусе разместился Отдел религиозного образования и катехизации Московского Патриархата. Церкви Высоко-Петровского монастыря получили статус патриаршего подворья, а в 2009 году он был возобновлен как монашеская обитель. В 2018 году завершилась реставрация колокольни и храма Петра Митрополита. Реставрация других монастырских построек еще продолжается.
