Московский госпиталь (ныне Главный военный клинический госпиталь имени Н.Н. Бурденко) был основан в Лефортове по указу Петра I в 1706 г. Тогда же при нем открылась первая в России медико-хирургическая школа. Возглавлял госпиталь личный врач Петра I, выпускник Лейденского университета Николас Бидлоо.
Поначалу госпиталь состоял из одного каменного строения голландского типа с домовой церковью Воскресения Христова и тридцати деревянных строений на берегу Яузы. Они включали в себя анатомический театр, палату алхимика, аптеку, покои для студентов, ученическую, помещения для больных. Рядом был разбит ботанический сад, в котором выращивались лекарственные растения. Главное здание завершалось восьмигранным деревянным куполом, увенчанным резной золоченой статуей Милосердия. В петровскую эпоху госпиталь имел даже собственный театр, в котором силами учеников Медико-хирургической школы ставились первые русские пьесы и интермедии.
К концу 1750-х гг. архитектор Д. Ухтомский перестроил и расширил комплекс, при нем было построено и каменное двухэтажное здание церковного корпуса. В мае 1756 г. в этом корпусе впервые в России было устроено отделение для душевнобольных.
При Екатерине II госпиталь пришел в упадок. В конце 1763 г. пожар уничтожил правую половину главного корпуса и церковь. Лечебные корпуса разрушились настолько, что в 1764 г. их хотели разобрать и построить военный госпиталь в другом месте. Коллектив госпиталя отстоял место и своими силами поддерживал здания.
При Павле I был утвержден проект новых каменных корпусов, созданный московским архитектором И. Еготовым. В 1797–1802 гг. был возведен главный корпус госпиталя, сохранивший свой облик до наших дней. В ноябре 1801 г. во вновь отстроенном церковном корпусе престол самой старинной церкви госпиталя был переосвящен во имя апостолов Петра и Павла.
Госпиталь представляет собой ансамбль эпохи ампира, один из немногих уцелевших в пожаре Москвы 1812 г. Часть деревянных корпусов восстановили в камне в 1818–30 гг.. Была заново отстроена из кирпича часовня для отпевания умерших, сохранившаяся до наших дней.
Посетивший госпиталь в 1823 г. Александр I велел объединить переходами отдельные корпуса, с целью расширения палат до 1800 мест. После этого архитектурный облик госпиталя существенно не менялся, лишь после Русско-турецкой войны 1877–78 гг. в главном корпусе освятили дополнительный церковный придел во имя Богоматери Всех скорбящих Радости. В 1917 г. в церковь перевели одно из отделений госпиталя.
В 1946 г. госпиталю было присвоено имя основоположника отечественной нейрохирургии, академика Н.Н. Бурденко. При возведении в 1930–90-е гг. новых корпусов классический ансамбль был сохранен. Все корпуса XVIII-XIX вв. имеют статус объектов культурного наследия федерального значения.
