В XVI веке владельцем дома, который мы называем «палаты бояр Романовых», стал Никита Романович Захарьин-Юрьев. Вероятнее всего, Никита Романович получил усадьбу с каменными палатами, надстроенные деревянною светлицею, в качестве приданого после женитьбы на Варваре, дочери боярина Ховрина.
Когда сестра Никиты Романовича, Анастасия Романовна, вышла замуж за царя Ивана IV, царский родственник стал одним из самых высоких сановников того времени. Перед смертью Иван Грозный назвал его одним из четырёх ближайших советников сыну Фёдору, последнему царю из династии Рюриковичей.
По преданию, именно в этих палатах 12 июля 1596 года родился будущий царь Михаил Федорович Романов. После его восшествия на престол в 1613 году усадьба получила название «Старый государев двор».
В сентябре 1631 года Михаил Федорович основал на Старом государевом дворе Знаменский монастырь, наделил его романовскими землями и угодьями, принадлежавшими его матери, а главное, подарил новоустроенной обители родовые палаты – во владении монастыря они пробудут до середины XIX века.
За свою историю здание неоднократно перестраивалось и ремонтировалось. К середине XIX века от первоначальных палат сохранились белокаменный подклет XV века и элементы объемно-планировочной структуры XV-XVI веков.
В 1856 году император Александр II распорядился отреставрировать палаты и создать в них музей «Дом бояр Романовых». Работы по реставрации в 1858–1859 годах возглавил архитектор Фёдор Фёдорович Рихтер. Он провел тщательные исследования здания, выявил его древние формы и восстановил декор на фасадах.
Рихтер оформил фасады в духе русской архитектуры XVI-XVII веков, а в интерьерах с помощью подлинных предметов воссоздал обстановку боярского дома XVII века. Были установлены изразцовые печи, размещены серебряная и расписная посуда, шитье, женские украшения, старинная мебель и книги. Стены украсили прекрасные росписи.
С 1932 года музей вошел в комплекс Государственного исторического музея, сохранив свою уникальную экспозицию, посвященную быту московского боярства.
В 2017–2018 гг. были выполнены ремонтно-реставрационные работы по замене окрытия кровли с раскладкой листов аналогично существующей раскладке, реставрации металлических печных труб на крыше, оконных и дверных проемов, входной каменной лестницы со львами на постаментах, реставрации скульптурных композиций с изображением герба Романовых в тимпанах кокошников входной группы и балкончика восточного фасада. В ходе реставрации подлинные элементы памятника сохранены в максимальном объеме, воссоздание утраченных элементов выполнено по аналогии с существующими по старинным технологиям.
В 2018 году Палаты бояр Романовых стали лауреатами конкурса Правительства Москвы "Московская реставрация" в номинациях "лучшая организация ремонтно-реставрационных работ" и "лучший проект реставрации и приспособления".
