Реставрационные работы на территории монастыря начались ещё в 1989 году под руководством архитектора Л. А. Шитовой. В ходе работ был воссоздан мраморный иконостас собора, восстановлены росписи, а также проведены комплексные работы по восстановлению всего ансамбля. В период с 2001 по 2005 годы проводились широкомасштабные реставрационные работы, включавшие восстановление утраченных элементов архитектуры, установку крестов на куполах и башенках собора, а также реконструкцию церковных интерьеров.
Сегодня Московский Иоанно-Предтеченский ставропигиальный женский монастырь продолжает свою работу как монашеская обитель. Реставрационные работы вернули ему былое величие, а в 2011 году проект реставрации стал лауреатом конкурса «Московская реставрация». Монастырь остаётся важным культурным и религиозным центром Москвы, привлекая как паломников, так и туристов, желающих прикоснуться к истории этого удивительного места.
