Существующая часовня построена в 1884-1885 гг. на территории подворья церкви святителя Николая Мирликийского в Подкопаях по ходатайству настоятеля Александрийского патриаршего подворья в Москве, по проекту архитектора В.Карнеева. Часовню освятили в 1887 г. Постройка была выполнена в формах эклектики, характерных для последней четверти XIX в, особенно для церковных зданий, с элементами русского узорочья XVII в. – в «псевдорусском», или «кирпичном» стиле. Часовня разделила надвое линию глухой каменной ограды подворья, гармонично включившись в группу вертикалей подворья и став логичным завершением всей объемно-пространственной структуры владения.
Ограда относится ко времени перестройки церкви в 1855-1858 гг., когда церковную территорию с юга и востока обнесли глухой кирпичной оградой.
В основу объемной композиции часовни был положен тип древнерусской сени, или рундука, где на четырех объединенных широкими арками устоях, покоится граненый шатер с главкой. Вся постройка, стены которой лишены штукатурного покрытия, дополнительно украшена деталями кирпичного декора: фигурными столбиками, поребриком, а в основании шатра - двумя рядами круглых кокошников.
В ноябре 1895 г. настоятель подворья архимандрит Прокофий обратился в Московскую контору Святейшего Синода о разрешении устроить на дворовом фасаде часовни теплый деревянный тамбур под металлическим козырьком для зимнего времени и предоставил соответствующие чертежи. В свою очередь прокурор Конторы передал их на экспертизу в Строительное управление Московского Губернского правления. Строительное управление постройку разрешило. Действующая Никольская часовня просуществовала до 1929 г. и была закрыта, а впоследствии и обезображена, лишившись шатрового завершения. Длительное время (в течение последних десятилетий ХХ в.) часовня пребывала в искаженном виде, в ней размещалась раздевалка завода «Полиэтилен».
После возвращения в 1991 г. владения с храмом Святого Николая Чудотворца в Подкопаях Русской Православной Церкви здесь были осуществлены первоначальные реставрационные и восстановительные работы. Деньги на реставрацию были выделены в 1994 г. К 1996 г. Часовня была отреставрирована: восстановлен, но не совсем верно, шатер с главой, разобрана современная техническая пристройка с северной стороны.
Первоначальное внутреннее убранство часовни к настоящему времени полностью утрачено.
