Серафимовская женская община берёт своё начало с Полунинской Крестовоздвиженской женской общины, которая находилась в нынешнем Сапожковском районе Рязанской области. В 1860 году в этой пустынной и красивой местности по приглашению богатого сапожковского купца Василия Ивановича Полунина поселился боголюбивый старец Павел. Пятнадцать лет жил старец Павел здесь. В 1875 году он скончался, приняв незадолго до смерти постриг с именем Платон. Через некоторое время в келье старца поселился сам В.И. Полунин, подражая жизни Платона. Здесь он открыл женскую богадельню и построил каменную часовню. В 1886 был построен каменный храм в честь Честного Животворящего Креста. В 1890 его сыновья подали ходатайство об обращении богадельни в Полунинскую Крестовоздвиженскую женскую общину. Первой настоятельницей общины стала монахиня Палладия.

В 1906 г. по указу императора за обителью был закреплён равный 1,5 десятины (прим. 3600 кв. м) участок земли в Ново-Кунцево, подаренный крестьянами села Крылатское. На нём начали строить обитель и храм. Возглавляли строительство монахиня Серафима и послушница Екатерина Ильева. Проект храма был подготовлен В.Ф. Жигардловичем в 1907 г.

После завершения постройки в 1909 г он был освящён благочинным монастырей архимандритом Даниилом в честь преподобного Серафима Саровского. Настоятелем церкви стал священник Александр Владимирович Русинов. Община развивалась – на территории храма было построено пять домов для монахинь и причта, была заменена ограда, сам храм был оштукатурен снаружи и внутри, в нём появились три картины стенной живописи: изображения двух ангелов и кончины преподобного Серафима Саровского. В 1915 году от Строительного отделения Московского Губернского правления было получено разрешение на строительство часовни со звонницей, святых врат и помещений для вратниц.

28-29 сентября 1917 г. Святейший Синод определил Кунцевское подворье Полунинской Крестовоздвиженской общины сделать самостоятельной общиной. Монахиня Серафима из Полунинской общины была поставлена начальницей в Кунцевский монастырь. То было тяжёлое для православных время. Не прошло оно бесследно и для Серафимовской общины. В 1918 году у общины отобрали имущество и храм. Чтобы совершать богослужения, надо было заключить договор с представителями местной власти и сделать опись имущества, что и было сделано все в том же 1918 году.

В конце 1922 года общину упразднили. Остался лишь храм, который сделали приходским. Сначала он успешно переживал "своеобразие" власти, не считая того, что в 1922 году у него изъяли 44 серебряных предмета - якобы "в пользу голодающих" - и отобрали большой колокол.

Трагическая судьба постигла священнослужителей и некоторых прихожан храма преп. Серафима Саровского в Кунцеве. Первый настоятель храма – протоиерей Александр Владимирович Русинов. Родился он в 1878 г. Был настоятелем храма с 1907 по 1922 г. На его долю выпали работы по постройке храма, и тяжелые годы революционной власти. В 1938 г. он был расстрелян на Бутовском полигоне. Сейчас он прославлен в лике святых новомучеников и исповедников российских.

Второй настоятель – иерей Сергий Фелицын. Возглавил церковь преп. Серафима Саровского в 1926 году. Сергей Николаевич Фелицын родился в 1895 г. в селе Погост Троицы – Чижи Ногинского района Московской области. Отец его был священником. У Сергея Николаевича были две сестры и брат. В 1916 г. он закончил Московскую Духовную семинарию. Затем он закончил Московскую Духовную академию со степенью кандидата богословия. В то время на долю храма выпали самые тяжкие испытания за время его существования. Настоятель и прихожане боролись за сохранение церкви.

В 1937 г. он был арестован в храме Спаса Нерукотворного Образа на Сетуни и расстрелян вместе с диаконом В.И.Краснокутским и ещё одним церковнослужителем, имя которого пока не известно. С.Н.Фелицын вместе Краснокутским были прославлены, как новомученики и исповедники российские.

После закрытия храма хозяева здания часто менялись. Сначала в нем помещались различные детские учреждения, потом производственные предприятия: Механообозный завод; Завод мебельной фурнитуры; Кунцевский завод пластмассовых изделий и, наконец, Кунцевский завод автоматических ручек, который около 1970 года стал филиалом завода им. Сакко и Ванцетти. Рядом с храмом сохранилась кирпичная колокольня, выходящая в бывший Больничный переулок. После закрытия Серафимо-Николаевского храма в ней были устроены квартиры, а потом здесь помещалась кузница. За это время колокольня лишилась второго яруса, святые ворота были сломаны. Деревянная же колокольня и жилые дома на территории упраздненной общины давно снесены. Помимо церкви и каменной колокольни все остальные строения появились в советский период.

В 1999 году храм посетил Святейший Патриарх Алексий II. В 2000 году 31 мая церковь стала подворьем Саввино-Сторожевского монастыря. В 2006 году храму был присвоен статус Патриаршего подворья.

В 2004 году часть построек "странным образом ночью загорелась", что дало основания вывести часть территории из под действия закона об охране памятников культуры и исторического наследия, тогда же территорию в срочном порядке "продали некоему ООО". В настоящее время после смены нескольких собственников, последний ведёт строительство жилого дома.