В конце XVII века в Новодевичьем монастыре снова разыгрываются очень значительные для его истории события, связанные с длительной, нарушавшей покой в государстве, борьбой за власть между царевной Софьей Алексеевной и братом ее по отцу царем Петром. За этими людьми стояли соперничавшие между собой боярские группировки. Весь ход борьбы особенно осложнился тем, что в нее было втянуто стрелецкое войско.
С 1682 по 1689 гг. царевна Софья считалась официальной правительницей при двух своих братьях – малолетнем Петре и болезненном Иване. В период ее правления в монастыре велось интенсивное строительство. За восемь лет были выстроены Трапезная палата, жилые здания, ворота, надвратные церкви, колокольня, надстроены верхушки башен и отремонтированы крепостные стены.
Смоленский собор украсился роскошным резным иконостасом, монастырская ризница в изобилии наполнилась драгоценной утварью, одеждами и книгами. Монастырь получил «жалованные грамоты» на владение новыми земельными угодьями.
В интересах сохранения власти в руках группы бояр Милославских, из рода которых была ее мать, царевна Софья добивалась царского венца. Были даже заготовлены ее портреты в царском облачении на фоне двуглавого орла. Царь Петр приравнивал хранение таких портретов к государственной измене.
В 1689 году Софья сделала попытку не допустить к власти достигшего совершеннолетия Петра. Но организованный ею заговор не удался. По распоряжению Петра царевна была подвергнута заключению в Новодевичьем монастыре, но и оттуда продолжала вести политические интриги.
В 1698 году было организовано новое восстание стрельцов, окончившееся полным их разгромом. Множество стрельцов было казнено, а Софью заключили под строгий надзор в помещение у северо-западной Напрудной башни. Под окнами ее новой кельи по распоряжению Петра повесили стрельцов. Тогда же Софья была насильственно пострижена в монахини под именем Сусанны и, тем самым, лишена каких бы то ни было гражданских прав. В 1704 году она умерла и была похоронена в юго-западном углу Смоленского собора.
