В 1732 г. амбар для хранения мёртвых тел был перенесён от церкви Иоанна Воина на Божедомке за границы Москвы, в поле близ Марьиной рощи, где уже находилось небольшое немецкое кладбище, на котором, в частности, был похоронен пастор Глюк. Рядом с амбаром для хранения мёртвых тел в 1750 г. было открыто новое городское кладбище. При нём была устроена церковь для отпевания и поминовения во имя святого Лазаря Четверодневного. По ней и всё кладбище стало именоваться Лазаревским.
В 1782–1787 гг. на кладбище на средства президента Московского магистрата, титулярного советника Л.И. Долгова и его вдовы С.Ф. Долговой (дом Долговых сохранился на проспекте Мира, 16) был сооружён новый храм Сошествия Святого Духа в стиле классицизма в виде купольной ротонды с двумя рядами окон (прямоугольными и круглыми), увенчанной большим круглым фонарём с шарообразной главкой и крестом. Прямоугольная трапезная, изначально бывшая короткой, с запада завершалась «французской» двухбашенной папертью с четырёхколонным портиком между колокольнями. Церковь выстроил архитектор Е.С. Назаров — автор ряда памятников архитектуры классицизма в Москве. Росписи выполнил итальянец А. Клаудо (он же был автором сохранившихся росписей Большого собора Донского монастыря), иконы для иконостаса создал его соотечественник Д. Скотти.
Главный престол храма был освящён в честь праздника Сошествия Святого Духа, а боковые приделы — во имя святого Лазаря (в память о предыдущей церкви) и во имя святого апостола Луки (святого покровителя строителя храма — Луки Долгова, похороненного в церкви; могила не сохранилась).
На месте алтаря разобранной деревянной церкви Лазаря был установлен обелиск с надписью: «На сем месте был храм праведного Лазаря, который в 1748 г. по именному от блаженной памяти Ее Императорского Величества Государыни Елизаветы Петровны указу построен, от которой и довольное производилось для церковнослужителей жалование, а сего 1802 г. как оный храм упразднён, так и жалования неизвестно почему не производятся». (Обелиск был снесён в 1929 г.)
По проекту архитектора С.Ф. Воскресенского в 1902–1904 гг. трапезная церкви была увеличена на запад более чем вдвое, боковые фасады получили пилястровые портики. При этом западная входная композиция, включавшая портик с колоннадой и двумя колокольнями, была обмерена, разобрана и восстановлена на новом месте. В результате общие черты храма остались прежними, но его пропорции изменились
В 1914–1917 гг. в храме на Лазаревском кладбище служил протоиерей Николай Алексеевич Скворцов — известный священник, профессор Московской духовной академии, председатель Церковно-археологического отдела Общества любителей духовного просвещения, автор множества трудов по истории Москвы и её памятников. Его перу принадлежит фундаментальный труд «Археология и топография Москвы», не потерявший своего значения до настоящего времени.
В ночь с 14 на 15 июня 1917 г. Н.А. Скворцов, собиравший средства для устройства детского приюта при храме, погиб вместе со своей супругой в собственном доме на церковном участке. Уникальный архив, собранный Н.А. Скворцовым, сохранился и находится сегодня в Российской государственной библиотеке.
После Октябрьского переворота храм Сошествия Святого Духа на Лазаревском кладбище перешёл к обновленцам. Тем не менее Патриарх Московский и всея Руси Тихон 28 июня 1923 г. посетил находившуюся рядом с ним могилу популярного московского священника, настоятеля церкви Николая в Кленниках на Маросейке А.А. Мечёва.
В 1932 г. храм Сошествия Святого Духа на Лазаревском кладбище был закрыт. В здании разместилось рабочее общежитие, а затем в него въехали мастерские Театра оперетты. Здание церкви внешне почти не изменилось, однако уникальные интерьеры с лепниной и иконостасами были полностью уничтожены, а внутреннее пространство разгорожено на два этажа.
В 1934 г. началось уничтожение Лазаревского кладбища, завершившееся его полным исчезновением. Могилы художника В.М. Васнецова и А.А. Мечёва были перенесены на Введенское кладбище.
В 1936 г. на месте кладбища был разбит Детский парк им. Ф.Э. Дзержинского (с 1985 г. — «Фестивальный»).
В 1991 г. начался процесс передачи церкви Сошествия Святого Духа общине, завершившийся через несколько лет. В 2000 г. рядом с храмом была освящена часовня в память обо всех погребённых на бывшем Лазаревском кладбище.
