Родился в небольшом городе Алатырь (с 1920-х гг. ставший районным центром Чувашии) и рано осиротел. Сведения о родителях не сохранились, его воспитанием занималась тетка.  Окончил Московское училище живописи, ваяния и зодчества в 1882 г. и получил звание классного художника архитектуры. Проектировал выставочные павильоны – павильон России на Всемирной выставке в Париже в 1889 году, на Среднеазиатской выставке в Москве в 1891 году, русский павильон на Всемирной выставке в Антверпене в 1894 году.

Виктор Мазырин считался «большим оригиналом» в московском обществе - увлекался мистикой и спиритизмом, восточными учениями, считал себя реинкарнацией строителя египетских пирамид. Общался и дружил с художниками, артистами, писателями - В.А. Серовым, А.М.Горьким,  Ф.И. Шаляпиным, В.М. Васнецовым, И.Э. Грабарем, А.И. Куприным. Друзья называли его анчуткой – чертиком в просторечии. Путешествовал по Европе, побывал в Египте и Японии, откуда привез рисунки и фотографии зданий и архитектурных элементов.

1894  год стал переломным для архитектора. На Всемирной выставке в Антверпене он познакомился с Арсением Морозовым, родственником Саввы Морозова. Эксцентричный Арсений Морозов дал задание спроектировать для него дом.

В 1897 году Лидия Мазырина, старшая дочь архитектора, заложила первый камень в основание особняка на Воздвиженке. Дом был построен через 3 года и принес громкий успех его автору и владельцу. Им приписывается диалог:

Мазырин спросил:

В каком стиле строить?

А какие есть? – поинтересовался Арсений Морозов.

Классический, модерн, мавританский…- начал перечислять архитектор.

А строй во всяких! У меня на все денег хватит, - ответил Морозов.

 В 1910-х гг. были построены несколько доходных домов в стиле рационального модерна. И не сохранившаяся деревянная Церковь Иконы Божией Матери Казанской в Лосиноостровской.

Архитектор Виктор Мазырин скончался от брюшного тифа в 1919 году в Москве и был похоронен  на Пятницком кладбище.