Одно из старейших ныне существующих московских кладбищ, являющееся объектом культурного наследия, было открыто в 1771 году рядом с поселением Даниловская слобода возле одноименного монастыря. Возникло оно, как и многие другие, из-за эпидемии чумы, когда хоронить умирающих приходилось в таком количестве, что мест просто не хватало. К тому же Сенат запретил хоронить умерших от болезни в черте города.

В разгар эпидемии на кладбище хоронили до восьмисот умерших в день. Рядом с центральной частью кладбища, на склоне Андреевского оврага, отвели место для умерших от болезни иностранцев и иноверцев. В настоящее время это мусульманский участок кладбища с отдельным входом. Одно из самых известных захоронений этой части кладбища – могила танцовщика и хореографа Махмуда Эсамбаева.

До революций начала ХХ века на Даниловском кладбище хоронили в основном купцов, ремесленников, и мещан, живших в близлежащей слободе. Пожалуй, самое известное семейное купеческое захоронение принадлежит роду Третьяковых, которых мы прекрасно знаем благодаря Павлу Михайловичу – основателю Третьяковской галереи. Здесь же расположено семейное захоронение не менее известного рода Боткиных.

Московский писатель-краевед Алексей Саладин писал в 1916 году:
«Даниловское кладбище можно смело назвать купеческим, да другим оно и быть не могло, близко примыкая к купеческому Замоскворечью. Пожалуй, ни на каком больше московском кладбище нет такого обилия купеческих памятников, как на этом. Типичные для середины прошлого века надгробия в форме цилиндрических колонн, конусов, обращённых вниз остриями, колонн, перебитых кубом, попадаются здесь во множестве».

Увы, сегодня большинство купеческих памятников уже не увидишь.

На Даниловском некрополе нашли упокоение историк, академик Иван Ковальченко, лингвист Афанасий Селищев, филолог и философ Сергей Аверинцев, искусствовед и театральный критик Сергей Дурылин, москвовед Михаил Александровский, футболист Валерий Воронин, писатель Юрий Яковлев, артист Борис Новиков, журналисты Ярослав Голованов и Владимир Кара-Мурза, экономисты Александр Лившиц и Николай Шмелев, киновед Глеб Скороходов.

Здесь похоронены Герои Советского Союза Николай Сидоров, Иван Зайкин, и Илья Котов. В советское время на кладбище нашли покой многие представители православного духовенства.

На Центральном кладбище часто посещаемой была могила причисленной к лику святых Матроны Дмитриевны Никоновой. В 1998 году ее мощи перенесли в Покровский монастырь, но поток паломников не стал меньше.

На Даниловском кладбище похоронены многие представители знаменитой купеческой династии Третьковых. В 2021 году завершилась комплексная реставрация четырех художественных надгробий, обладающих статусом выявленных объектов культурного наследия. Были отреставрированы надгробия Зинаиды и Софьи, жены и дочери Сергея Васильевича Третьякова, а также надгробия четырех кузин Павла Михайловича и Сергея Михайловича Третяковых.

Белоснежная церковь в стиле ампир с большой колокольней, где проходят службы по усопшим, была построена на месте деревянного храма в честь священномучеников Херсонских. Первый храм был возведен в конце 1772 года.

К 1828 году он обветшал, и тогда купец Семен Лепешкин начал строительство нового храма, рядом с которым появилась богадельня. На деньги купца также построили ограду кладбища и флигель. Новый храм был освящен в 1838 году во имя Сошествия Святого Духа. Автор проекта – Федор Шестаков. В 1901 году на территории кладбища была построена и освящена церковь Николая Чудотворца, а затем Никольская часовня с пристройкой по проекту архитектора Николая Струкова. Сохранились старый иконостас и стенопись 1832 года.

Во время войны на территории кладбища находилась зенитная батарея, были установлены бетонные доты, два из которых можно увидеть и сегодня.

Общая площадь кладбища 35 гектаров.