Первые упоминания усадьбы относятся к 1806–1808 гг. Однако деревянные постройки были уничтожены в войну 1812 года.

В 1821 г., по приказу Дмитрия Федоровича Новикова, хозяина владений, был построен новый деревянный главный дом, сформирована усадебная планировка с парадным двором, раскрытым в сторону улицы Большая Ордынка, жилым флигелем и хозяйственной зоной. На участке находились два одноэтажных дома и деревянный сарай. Дома были срублены из бревен на сплошном кирпичном фундаменте и обшиты тесом.

Свое нынешнее название усадьба получила по имени владельца Алексея Николаевича Давыдова. В 1881 году по проекту известного московского архитектора Петра Алексеевича Виноградова между главным домом и флигелем была поставлена каменная ограда с широкими воротами и двумя калитками. Флигель перестроили для сдачи внаем. Вдоль его левой стороны был построен парадный вход с высоким брандмауэром. Под флигелем углубили подвал.

В 1914 году усадьбу приобрела Ольга Жемчужникова, дочь одного из авторов «Кузьмы Пруткова». После революции главный дом усадьбы приспособили под коммунальное жилье. В 1930-х такая же участь постигла и флигель здания. К нему пристроили второй этаж с окнами и убрали декор. В 1970-х все жильцы дома были выселены. А само здание перешло в нежилой фонд. В последние годы перед реставрацией оно не использовалось и находилось в аварийном состоянии.

Целью проведения реставрационных работ стала адаптация флигеля усадьбы к функции фэмили-офиса, включающего помещения офисного, жилого и подсобного назначения. Учитывая культурно–историческую ценность здания, к материалам, используемым при реставрации, применялись особые требования.

В ходе работ полностью восстановили систему входов и выходов из здания. На прежний уровень вернули исторический карниз — ранее его отметка была завышена. Воссоздали слуховые окна печных труб с дымниками.

Фундамент здания полностью заменили, укрепили деревянные стены из тесаного сруба. Лепные элементы с главного фасада сняли еще до начала работ, как представляющие особую ценность. Их вернули на место после отдельной реставрации и воссоздания недостающих фрагментов.

Во время реставрации специалистам удалось сохранить особенности распространенного в Москве типа небольшой городской усадьбы первой половины XIX в. Получившийся фэмили-офис не предполагает массового посещения населением и предназначен для эксплуатации одной семьей.

Флигель городской усадьбы Д.Ф.Новикова - А.Н.Давыдова стал лауреатом конкурса Правительства Москвы "Московская реставрация".