В середине XVIII века владение перешло от князей Сонцовых-Засекиных к Кожиным – старинному дворянскому роду, известному ещё с XIV столетия. В 1760-х годах новые хозяева начали перестройку владения, в результате которой на основе старых палат был возведён новый главный дом, получивший законченный облик перед 1812 годом. Тогда же появились симметричные двухэтажные флигели с переходами к торцам главного дома – так сформировался парадный двор.
Во время французской оккупации Москвы эта территория стала одним из мест казни горожан, подозревавшихся наполеоновской администрацией в поджогах. По мнению исследователей, первый публичный расстрел 18 московских поджигателей состоялся именно здесь. Экзекуция проводилась в боковой части владения, почти у апсид соседней церкви святых Космы и Дамиана в Шубине.
Позднее, в 1873 году, флигели были надстроены и расширены, но облик главного дома почти не изменился. На тот момент Кожины здесь уже не жили. В главном доме располагалась гостиница «Германия», где в конце 1830-х годов под полицейским надзором проживал член Союза Благоденствия декабрист И.А. Фонвизин. В 1870-х годах в усадьбе размещалась литография художника Маковского. Еще десять лет спустя во владении была редакция «Шахматного журнала», магазин «Крымский базар», торговавший морепродуктами и деликатесами, а также другой магазин, называвшийся «Русь» – здесь можно было приобрести вышитые полотенца, кружева и товары народного промысла. В доме жил архитектор К.А. Дулин, до революции занимавшийся в основном строительством доходных домов, а после спроектировавший лечебницу в Соловецком лагере и сооружения по линии нефтепровода Грозный – Туапсе.
