Считается, что после Смоленского собора в монастыре был возведен комплекс каменных зданий, включающий АМВРОСИЕВСКУЮ ЦЕРКОВЬ (предположительно какое-то время она выполняла роль зимнего монастырского храма), трапезную и палаты Ирины Годуновой. Эти три здания, примыкающие друг к другу, образуют меняющуюся по высоте и по ширине связку построек. Отсутствие единого внутреннего обхода помещений позволяет предположить, что некогда их объединяла система галерей и крылец, придававших постройкам живописные очертания.
В разные периоды истории этот комплекс построек имел различные назначения. Некоторое время он, видимо, представлял собой отдельную замкнутую усадьбу внутри монастыря, предназначенную для родственниц Ивана IV Ульяны Удельной и Ирины Годуновой, на которых не распространялись требования устава общежительного монастыря. В палатах Ирины Годуновой ее брат Борис дал свое согласие на русский престол.
В 1598 году после смерти бездетного царя Федора Иоанновича ближайшим претендентом на престол являлся брат царицы БОРИС ГОДУНОВ, фактический правитель государства при царе Федоре.
В ожидании развития событий, связанных с выборами нового царя, Борис Годунов выехал из Кремля в Новодевичий монастырь, куда несколько раньше переселилась Ирина (в монашестве Александра).
Учреждение в России патриаршества, происшедшее в 1589 году с возведением в сан патриарха сторонника Годунова – митрополита ИОВА, имело большое значение в укреплении позиций господствующей церкви, поддерживающей устои феодально-крепостнического государства.
В дальнейшем патриарх Иов содействовал избранию Годунова царем, собрав «Земский собор», на котором преобладающее большинство представителей принадлежало духовенству и поместному дворянству, из которого выдвинулся сам Годунов.
Сторонники Годунова заставляли народ умолять Бориса принять царство. Борис притворно отказывался, но затем дал свое согласие.
Борис Годунов, приняв царский престол, щедро одарил монастырь, произвел некоторые перестройки и украшения Смоленского собора, где была устроена торжественная служба по случаю его восшествия на престол, а затем венчание на царство в Успенском соборе.
Вдовая царица Ирина (в инокинях – Александра) прожила здесь 5 лет в окружении своих келейниц и вышивальщиц. По желанию царствующего брата была похоронена в Кремле, в женском Вознесенском монастыре.
Эти палаты упоминает А.С.Пушкин в драме «Борис Годунов»:
«Теперь они пошли к царице в келью,
Туда вошли Борис и патриарх
С толпой бояр…»