Церковное предание называет Данилов (Свято-Данилов) мужской монастырь старейшим в Москве. Эта обитель носит имя святого князя Даниила — первого правителя самостоятельного Московского княжества. Монастырь дважды закрывался и вновь возрождался. Первое восстановление монастыря произошло при царе Иване Грозном, второе — в последние годы существования СССР.
Основателем монастыря был удельный князь Даниил Александрович (1261–1303), младший сын Александра Невского. Он посвятил новую обитель своему небесному покровителю — преподобному Даниилу Столпнику. Деревянные постройки монастыря расположились на берегу небольшой речки, впоследствии называвшейся Даниловкой, недалеко от её впадения в Москву-реку. Настоятель монастыря получил почётное звание архимандрита и стал главой всех монахов в Московском княжестве. Однако на этом месте обитель существовала всего несколько десятилетий. В 1330 году великий князь Иван Калита, сын Даниила Александровича, переселил архимандрита и братию в Кремль, чтобы, по словам летописи, всегда иметь перед глазами монашеское житие. На прежнем месте осталась деревянная церковь с кладбищем.
Царь Иван Грозный велел восстановить монастырь, основанный первым московским князем. Считается, что это произошло вскоре после Стоглавого собора 1551 года, на котором было решено построить церковь в честь Святых Отцов Семи Вселенских Соборов. В 1559 году царь подарил новому монастырю обширные земельные владения в окрестностях современного Подольска. По царскому указу в монастыре построили каменный соборный храм в честь Святых Отцов, который был освящён в 1561 году в присутствии самого царя и митрополита Макария. Храм не сохранился, но его остатки были найдены во время археологических раскопок. Это была стройная бесстолпная церковь с тремя апсидами, увенчанная пирамидой кокошников и высоким барабаном с главой. Вероятно, первый храм Данилова монастыря напоминал ныне существующий Малый (старый) собор Донского монастыря, построенный тридцатью годами позднее. Впоследствии собор Святых Отцов окружили пристройки: трапезная, ризница, приделы святых Даниила Столпника и Симеона Столпника.
Данилов монастырь никогда не был сильной крепостью, но под его стенами происходили военные столкновения. В 1591 году, во время нашествия крымских татар, московские воеводы поставили здесь укреплённый лагерь. После ночного сражения татары отступили. В 1606 году здесь шли бои между войсками царя Василия Шуйского и повстанческими отрядами Ивана Болотникова, которые пытались ворваться в Москву. В 1610 года под стенами монастыря москвичи согласились выдать Шуйского его сопернику — Лжедмитрию II. Вскоре казаки, посланные Лжедмитрием, разорили монастырь и окрестные селения. После окончания Смутного времени обитель была восстановлена.
Данилов монастырь вновь стал пользоваться вниманием царского двора в середине XVII века. В 1652 году состоялось обретение и перенесение мощей князя Даниила, которого с этого времени стали почитать как святого. Вероятно, в 1670-х годах южнее соборного храма была возведена вторая каменная монастырская постройка — трапезная палата с зимней церковью и шатровой колокольней. Церковь имела две апсиды и была увенчана двумя главами, потому что в ней находились два престола — в честь Покрова Богородицы и пророка Даниила. Фасады храма украшали рельефные керамические фигуры четырёх евангелистов (ныне хранятся в музее «Коломенское»). Вероятно, тогда же с северной стороны монастыря возвели каменные ворота. Остальная часть ограды долго оставалась деревянной. Только в конце XVII века монастырь был окружен каменной стеной с башнями. Первоначально башни имели гранёные купола с башенками-смотрильнями, позднее купола заменили шатрами.
В XVII веке Данилов монастырь существовал в основном на доходы от земельных владений и на царское жалованье — ругу. Старинное село Даниловское превратилось в монастырскую слободку. Для жителей слободы и крестьян соседних селений в 1699–1706 годах была построена каменная церковь Воскресения (не сохранилась). Правление Петра I было тяжёлым временем для монастыря. Царское жалованье уменьшилось, большую часть доходов забирала казна, власти запрещали принимать в обитель новых монахов. Кроме того, монастырь был обязан содержать преступников и нарушителей церковных правил, которых присылали сюда на покаяние.
Несмотря на материальные трудности, в монастыре продолжалось каменное строительство. Соборная церковь сильно обветшала и в 1729 году была снесена. Новый соборный храм возвели на основе трапезной церкви. Своды и верхние части стен разобрали, построили дополнительные опорные стены и новые своды. Сверху надстроили четверик с трёхчастным алтарем, перекрытый сомкнутым сводом и завершённый полусферическим куполом с фигурной главкой. Новый храм окружала галерея с арками. Строительные работы были завершены уже в 1730 году, новый храм освятили во имя Святых Отцов Семи Вселенских Соборов. Нижняя церковь сохранила прежнее посвящение — в честь Покрова Богородицы. В 1746 году верхняя часть старой колокольни над папертью была разобрана, вместо неё возвели столпообразный придел в честь Даниила Столпника, находившийся на третьем ярусе храма.
Соборный храм вновь перестраивался в начале XIX века, когда с западной стороны были сооружены лестницы для подъёма в верхний храм, а в галереях устроены приделы, освящённые в 1805 и 1806 годах. Наконец, в 1857 году галереи были расширены и образовали единое пространство с боковыми приделами. Автор проекта, архитектор Е. Д. Тюрин, попытался внести единообразие в оформление фасадов храма, который неоднократно подвергался перестройкам. Вскоре верхний придел Даниила Столпника был упразднён, в его помещении устроили ризницу.
Еще одно значительное сооружение XVIII века в монастыре — надвратная колокольня с церковью Симеона Столпника. В 1731–1732 годах на средства купца М.А. Косырева над воротами построили небольшой храм, состоящий из четверика с расположенными симметрично притвором и алтарной частью. Затем над храмом возвели восьмигранный ярус звона, над ним — два убывающих восьмерика и главку. Строительство было завершено к 1746 году, высота колокольни составила примерно 45 метров. Позднее, в 1770-х годах, по сторонам святых ворот были возведены каменные келейные корпуса, первоначально двухэтажные.
После церковной реформы 1764 года Данилов монастырь был причислен к обителям третьего класса, которым выделялись средства на содержание 12 насельников вместе с настоятелем-игуменом. Под стенами монастыря появилась Даниловская застава, отмечавшая границу города. В 1771 году, во время эпидемии чумы, здесь размещался карантин с чумными бараками, который разгромили восставшие горожане. Однако XVIII век в истории монастыря был отмечен не только бедствиями и притеснениями. В этот период всё больше укреплялось почитание святого князя Даниила Московского. Представители аристократии и купечества делали щедрые пожертвования в пользу монастыря. Например, на средства князя Ф. И. Голицына была украшена серебром рака святого Даниила, императрица Екатерина II подарила для неё вышитый покров. Московский митрополит Платон (Левшин) в 1791 году издал службу в честь князя Даниила и его житие, которое составил сам. В 1812 году монастырь был ограблен французскими солдатами, но монахи успели вывезти из Москвы церковные ценности и казну. Рака, в которой хранились мощи святого Даниила, была похищена, но в 1817 году сделали новую — из позолоченного серебра.
В XIX веке московская застройка достигла монастыря. Его окрестности превратились в промышленную окраину города. Здесь появилось много предприятий. Самыми крупными среди них были текстильная мануфактура (основана в 1867 году) и камвольно-прядильная фабрика (основана в 1878 году). В начале XX века между монастырем и берегом Москвы-реки были проложены пути Павелецкой железной дороги.
Тем временем монастырь упрочил свое материальное положение при поддержке московского купечества. Продолжалось каменное строительство. В 1820 году был сооружён двухэтажный дом настоятеля, фасад которого украшает скромный классический портик. Крупнейшей постройкой XIX века в монастыре стал Троицкий собор, возведённый в 1833–1838 годах на средства купцов Куманиных и Шестовых по проекту архитектора А.И. Бове (возможно, при участии его более известного старшего брата — О.И. Бове). Храм представляет собой образец стиля ампир: приземистый кубический объем с тремя шестиколонными портиками и полукруглой апсидой увенчан полусферическим куполом на широком барабане. Просторный интерьер, хорошо освещённый благодаря широким окнам, вмещает до 3000 человек и рассчитан на торжественные многолюдные богослужения. Внутри храм был украшен росписями и лепниной, привлекали внимание резные иконостасы — центральный, в виде триумфальной арки, и два боковых, в виде купольных ротонд (убранство храма восстановлено в 1980-х годах по сохранившимся чертежам и изображениям). За монастырской стеной была построена приходская церковь Воскресения Словущего, также в стиле ампир. Средства для строительства предоставили прихожане и фабрикант Н.И. Рыбников, проект выполнил архитектор Ф.М. Шестаков.
В XIX веке почти всю территорию монастыря занимало кладбище. Здесь хоронили не только представителей духовенства и монашествующих, но и государственных деятелей, ученых, людей искусства. В 1852 году в Даниловом монастыре похоронили Н.В. Гоголя. Среди других знаменитостей, погребенных на монастырском кладбище, были поэт Н.М. Языков, художник В.Г. Перов, основатель Московской консерватории Н. Г. Рубинштейн, академик Н.С. Тихонравов, славянофил А.С. Хомяков и некоторые его единомышленники. Храмовые подклеты были заняты усыпальницами московских купеческих фамилий: под Троицким собором находились погребения Куманиных и Шестовых, под собором во имя Святых Отцов — Ляпиных и Савиных. Территория монастыря была заполнена могилами, поэтому её расширили почти в два раза, присоединив большой участок земли с западной стороны. В 1870-х годах его обнесли каменной стеной, стилизованной под древнерусское зодчество. На новой территории построили келейный корпус, первоначально двухэтажный (в советское время его надстроили ещё двумя этажами). За монастырскими воротами были возведены гостиница, богадельня и различные хозяйственные сооружения.
Настоятель Данилова монастыря осуществлял надзор над всеми монашескими обителями, подведомственными Московской епархии. Кроме того, в монастырь находились учреждения общественного призрения. В 1803 году на пожертвование статского советника Г.А. Владыкина в нём устроили богадельню для пожилых женщин. В 1863 году был открыт приют для престарелых священнослужителей. В 1892 году открылась бесплатная церковно-приходская школа для бедных. Также в монастыре действовала школа для послушников. В 1902 году в одном из монастырских корпусов разместилась больница для монашествующих Московской епархии. В обитель присылали для исправления несовершеннолетних преступников. Собственно монастырская братия была немногочисленна: в 1917 году насчитывалось 19 монахов и 4 послушника.
После Октябрьской революции 1917 года Данилов монастырь стал важным духовным центром. Его настоятель, епископ Феодор (Поздеевский), собрал в монастыре ревнителей Православия, которые сопротивлялись попыткам советских властей подчинить Церковь и боролись с обновленческим движением. За твёрдость в этих вопросах насельников монастыря прозвали «даниловской оппозицией». Монастырь был формально ликвидирован в 1919 году, но фактически продолжал существовать как община верующих. В 1918–1920 годах здесь действовала Высшая богословская школа, в которой преподавал священник Павел Флоренский. Строгое соблюдение православных канонов и традиций, торжественные богослужения, присутствие духовных старцев привлекали в Данилов монастырь множество верующих.
В 1929 году прекратились богослужения в Троицком соборе, который заняли под склад муки. В 1930 году у православной общины, к тому времени самой многочисленной в Москве, отобрали ключи от монастырских зданий. Монахи и прихожане перешли в соседнюю церковь Воскресения, но в 1932 году она также была закрыта.
На территории закрытого монастыря разместили приёмник-распределитель для беспризорных детей и несовершеннолетних правонарушителей. Убранство храмов было уничтожено, монастырский некрополь полностью разрушен, лишь несколько могил выдающихся деятелей перенесли на кладбища Новодевичьего и Донского монастырей. Даниловские колокола, славившиеся мелодичностью, купил американский предприниматель и меценат Ч. Р. Крейн, который подарил их Гарвардскому университету (в 2007–2008 годах возвращены в монастырь). К началу 1980-х годов здания, пришедшие в аварийное состояние, занимали тюрьма для малолетних преступников, завод холодильных машин «Искра» и мастерская «Союзреставрация».
Возрождение Данилова монастыря было одним из первых признаков серьёзных перемен в отношениях между государством и Православной Церковью. В 1982 году патриарх Пимен (Извеков) обратился к руководству Советского Союза с просьбой передать один из бывших московских монастырей, чтобы разместить в нем административный центр Русской Православной Церкви. Решением Совета Министров СССР в 1983 году патриархия получила здания бывшего Данилова монастыря. Сразу же начались реставрационные и строительные работы. В 1985 году начались богослужения в Покровском храме, в 1986 году был торжественно освящён Троицкий собор, в 1988 году — церковь Святых Отцов. Реставрационные работы в основном завершились в 1988 году, когда в монастыре состоялось торжественное празднование Тысячелетия Крещения Руси.
Воссозданное в 1980-х годах убранство монастырских храмов имеет особую историческую и художественную ценность. Интерьер Троицкого собора был восстановлен в первоначальном виде, остальные храмы получили новое оформление в стиле древнерусского искусства. Из Троице-Сергиевой лавры и Псково-Печерского монастыря привезли много старинных икон. Пятиярусный иконостас в соборном храме Святых Отцов в основном состоит из икон XVII–XVIII веков, сохранившихся в Московской духовной академии. Иконостас нижнего Покровского храма, созданный под руководством игумена Зинона (Теодора), стал образцом для многих русских мастеров и повлиял на последующее развитие церковного искусства.
От первоначального убранства уцелели три особо чтимые иконы, которые после закрытия монастыря хранились в церкви Даниловского кладбища: «Богоматерь Владимирская с Акафистом» (XVI век), «Богоматерь Троеручица» (конец XVII — начало XVIII века), «Преподобный Иоанн Кассиан» (XVIII век). Главная святыня Данилова монастыря — частицы мощей благоверного князя Даниила.
В 1984–1988 годах коллективом архитекторов под руководством Ю.Р. Рабаева построена Синодальная резиденция, в которой стилистика поздней советской архитектуры совмещается с элементами древнерусского зодчества. Здесь проводятся заседания высшего органа церковного управления — Священного Синода. Соседний корпус занимает Отдел внешних церковных связей Московской патриархии. В 1988 году по проекту Ю.Г. Алонова возведены две часовни — часовня-сень над святым колодцем в середине монастырского двора и поминальная часовня-усыпальница у северной стены.
При монастыре действуют воскресная школа, певческие курсы и курсы звонарского мастерства, издательство «Даниловский благовестник», художественные мастерские, а также экскурсионная служба и музей.
