Деревянная церковь в Бронной слободе, посвященная святому апостолу и евангелисту Иоанну Богослову, была основана между 1570 и 1591 годами. Родоначальник царской династии – Михаил Фёдорович – преподнес в дар храму древнюю икону св. евангелиста Иоанна Богослова с дарственной надписью на обратной стороне доски: «От царя Михаила Фёдоровича». Несколько столетий она оставалась главной храмовой святыней. В настоящее время ее местонахождение неизвестно.
Каменный храм, доживший до наших дней, был возведен «тщанием приходских людей» в 1652–1665 гг. В 1694 году был построен придел во имя Николая Чудотворца.
Храм, представляющий собой четверик, увенчанный пятиглавием (шлемовидными главками), изящно украшен кокошниками, узорчатыми наличниками, ширинками, шлемовидными главками. В архитектуре храма соединились элементы, характерные как для периода патриарха Никона, так и предшествующего времени. А колокольня храма, явно отличающаяся от основного здания, построена в 1730-х годах в стиле классицизма. Всего на ней находилось 7 колоколов, один из которых был отлит знаменитым мастером Моториным, тем самым, кто подарил Москве знаменитый Царь-колокол.
В 1668 году на средства прихожан при храме была открыта первая в Москве частная православная школа, в создании которой принимал участие наставник царских детей, известный ученый Симеон Полоцкий. Немногим позже на приходе была обустроена одна из первых столичных богаделен, где на содержании находилось около ста человек.
В 1782 году в непосредственной близости от храма был разбит Тверской бульвар, и церковь стала местом притяжения московской литературной элиты, выбравшей бульвар для послеобеденных прогулок.
В 1812 году в храме был крещен Александр Герцен. Политический деятель, писатель и философ родился по соседству, в усадьбе богатого помещика И.А. Яковлева, здания которой сегодня занимает Литературный институт. Будучи внебрачным сыном Ивана Яковлева и немки Луизы Гааг, при рождении он получил фамилию Герцен (от немецкого слова «Нerz» – сердце).
В 70-х гг. XIX века в храме были устроены теплые полы – весьма необычное новшество для приходской церкви того времени. При храме действовала церковно-приходская школа. Ее попечителем долгое время был известный профессор Московского Университета, доктор государственного права П.Н.Мрочек-Дроздовский.
А 8 октября 1892 года (по новому стилю) в Москве родилась Марина Цветаева, детство которой прошло в непосредственной близости от этого храма – в Трехпрудном переулке. Сама поэтесса, родившаяся ночью, праздновала свой день рождения 9 октября, связывая его с днем поминовения апостола Иоанна Богослова по православному календарю. Упоминание об этом есть в нескольких ее произведениях. Например, в стихотворении 1916 года из цикла «Стихи о Москве»:
Красною кистью
Рябина зажглась.
Падали листья.
Я родилась.
Спорили сотни
Колоколов.
День был субботний:
Иоанн Богослов.
Мне и доныне
Хочется грызть
Жаркой рябины
Красную кисть.
Изъятие церковных ценностей из храма началось в 1922 году. В 1933 году храм был закрыт и разграблен. Благодаря стараниям архитектора Д.П. Сухова церковное здание удалось сохранить, однако церковные купола и барабан были разрушены, уничтожено внутреннее убранство и росписи, снесен алтарь, пробиты проемы в стенах. Храм был передан под «нужды» соседнего театра: внутри сначала размещалось общежитие, затем театральные мастерские, склад декораций и столярный цех.
В 1991 году храм Иоанна Богослова был возвращен Русской Православной Церкви. Памятник церковной архитектуры находился в крайне аварийном состоянии несмотря даже на то, что с 1956 года в нем проводились реставрационные работы. Вода, попавшая под основание здания через шурф, открытый при обследовании фундамента, привела к появлению глубоких трещин, зияющих в стенах трапезной.
Первоначально реставрационные работы проводились силами общины. А в феврале 1996 года по благословению Святейшего Патриарха Алексия II дело восстановления храма взял на себя благотворительный фонд «Возрождения и сохранения традиций Русской Православной Церкви», возглавляемый Ниной Анатольевной Орешко. С этого времени работы пошли стремительным темпом: были укреплены стены и своды, восстановлены металлические связи, воссозданы барабаны основного четверика, возведены главы с позолоченными крестами, восстановлены входные двери и окна, произведены штукатурные и малярные работы на фасадах. К 1998 году были воссозданы иконостасы как главного алтаря, так и придела свт. Николая Чудотворца.
21 мая 1999 года, в день престольного праздника в честь апостола Иоанна Богослова, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил чин великого освящения храма. В 2003 году была восстановлена территория вокруг храма, благодаря чему стало возможно снова совершать крестные ходы. В целом восстановление храма и благоустройство территории были завершены в 2014 году.
Сегодня церковь является архитектурной доминантой квартала и участвует в формировании панорамы Тверского бульвара. Храм открыт ежедневно, в нем совершаются регулярные богослужения.
