Церковь Троицы в Вишняках на Пятницкой улице впервые упоминается в 1642 г. как деревянная, расположенная в стрелецкой слободе. В 1678 г. стрельцами «Матвеевского приказа Вишнякова», то есть стрелецкого головы Матвея Михайловича Вишнякова (Вешнякова), она была отстроена в камне в память о товарищах, погибших при осаде Чигирина (ныне город в Черкасской области Украины). Поэтому переулок, на пересечении которого с Пятницкой улицей стоит церковь Троицы, носивший до 1922 г. название Лужниковского или Лужнецкого, был переименован при ликвидации одноимённости московских улиц и переулков в Вишняковский.
Церковь Троицы, расширявшаяся приделами в 1706, 1734 и 1788 гг., в начале XIX в. была полностью перестроена на средства купца С.Л. Лепёшкина, впоследствии московского городского головы (его усадьба находилась напротив храма), став ярким примером позднего классицизма (ампира), отличающегося строгой гармонией и монументальностью. В 1804 г. вновь выстроили трапезную; тогда же заложили новый основной однокупольный объём церкви, вчерне законченный к началу Отечественной войны 1812 г., во время которой он горел и был восстановлен вчерне в 1815 г., а полностью — к 1824 г. (авторство чертежей церкви архитектора А.Г. Григорьева, известное по литературе, документально не подтверждено).
В 1826 г., в связи с расширением Пятницкой улицы, старую колокольню снесли как мешавшую проезду; новую трёхъярусную, в стиле классицизма, гармонирующую с церковью, выстроили по проекту архитекторов Ф.М. Шестакова и Н.И. Козловского. Ограда и дома причта были завершены к 1838 г. На стрелке Пятницкой улицы и Вишняковского переулка в ограду была включена одноэтажная ротонда (лавка при церкви; утрачена).
Звон колоколов Троицкой церкви, по признанию знаменитого звонаря-виртуоза К.К. Сараджева, стал сильнейшим впечатлением его детства и во многом предопределил его дальнейшую судьбу.
В 1922 г. из церкви Троицы изъяли «19 пудов 18 фунтов ¼ золотника золотых и серебряных изделий». Она была закрыта не ранее 1929 г.; после этого были снесены дом причта и ротонда на углу с переулком. В последующие десятилетия в здании попеременно размещались различные учреждения; в 1980-х гг. здесь находился отдел кадров Московского конструкторского технического бюро.
В 1991 г. церковь Троицы первой в Замоскворечье была возвращена верующим. С 1994 г. она действует и является храмом православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Всё убранство интерьеров выполнено преподавателями и студентами факультета церковных художеств; в алтаре выложена мозаика из смальты в византийском стиле.
