С середины XVI века владельцем дома, который мы называем «палаты бояр Романовых», был боярин Никита Романович Захарьин-Юрьев (ок. 1522–1585 или 1586) — основатель рода Романовых. Вероятнее всего, Никита Романович получил усадьбу с каменными палатами, надстроенными деревянной светлицей, в качестве приданого после женитьбы на Варваре Ивановне Ховриной (ум. 1555), дочери боярина Ивана Дмитриевича Ховрина.
Когда в 1547 году сестра Никиты Романовича, Анастасия Романовна, вышла замуж за царя Ивана IV Грозного, он стал одним из самых приближённых к царю сановников. Перед смертью Иван Грозный назвал его одним из четырёх ближайших советников своего сына Фёдора, последнего царя из династии Рюриковичей.
По преданию, именно в этих палатах 12 июля 1596 года родился будущий царь Михаил Фёдорович Романов. После его восшествия на престол в 1613 году усадьба получила название «Старый государев двор».
В сентябре 1631 года царь Михаил Фёдорович основал на Старом государевом дворе Знаменский монастырь, наделил его романовскими землями и угодьями, принадлежавшими его матери, и подарил новоустроенной обители родовые палаты — во владении монастыря они пробыли до середины XIX века.
В 2017–2018 годах в здании были проведены масштабные ремонтно-реставрационные работы АО «Межобластное научно-реставрационное художественное управление». Специалисты заменили покрытие кровли, отреставрировали металлические печные трубы на крыше, оконные и дверные проёмы, входную каменную лестницу со львами на постаментах. Также были отреставрированы скульптурные композиции с изображением герба Романовых в тимпанах кокошников входной группы и балкончика восточного фасада.
Особое внимание уделялось сохранению подлинных элементов памятника, а воссоздание утраченного выполнялось с применением старинных технологий.
Реставраторы провели большую работу по укреплению белокаменной и кирпичной кладки, обновлению технических и инженерных систем. При этом все работы проводились с максимальным уважением к историческому наследию, с сохранением духа и атмосферы древних палат.
В 2018 году Палаты бояр Романовых стали лауреатом конкурса Правительства Москвы «Московская реставрация».
Сегодня отреставрированные Палаты бояр Романовых — единственный в России музей, знакомящий посетителей с бытом и культурой московского боярства XVI–XVII веков, и один из самых аутентичных исторических музеев Москвы.
На основании археологических исследований, изучения белокаменных и кирпичных кладок и сохранившихся архитектурных форм можно считать, что палаты, выстроенные из белого камня и маломерного кирпича, уже существовали к 1547–1548 годам и были перестроены в то время. Таким образом, перед нами древнейшая сохранившаяся гражданская постройка на территории Москвы за пределами Кремля.
Здание состоит из двух этажей, из которых верхний снова был перестроен в 1674–1675 годах ярославскими мастерами. Оно имеет белокаменный подвал с широкой белокаменной лестницей и пристроенный к нему небольшой кирпичный подвал, также со своей отдельной внутристенной лестницей.
За свою историю здание неоднократно перестраивалось и ремонтировалось. К середине XIX века от первоначальных палат сохранились белокаменный подклет XV века и элементы объёмно-планировочной структуры XV–XVI веков.
В 1856 году император Александр II распорядился отреставрировать палаты и создать в них музей «Дом бояр Романовых». Работы по реставрации в 1858–1859 годах возглавил архитектор Ф.Ф. Рихтер. Он провёл тщательные исследования здания, выявил его древние формы и восстановил декор на фасадах. Его работа по возобновлению этих палат считается одним из первых опытов научной реставрации в России.
Ф.Ф. Рихтер оформил фасады в духе русской архитектуры XVI–XVII веков, а в интерьерах с помощью подлинных предметов воссоздал обстановку боярского дома XVII века. Были установлены изразцовые печи, размещены серебряная и расписная посуда, шитьё, женские украшения, старинная мебель и книги. Стены украсили росписи. В ходе реставрации художник И.И. Артари расписал крестовые палаты и девичью комнату.
После Октябрьского переворота музей в палатах стал называться «Музей старого русского быта», или «Музей боярского быта». После реорганизации в 1923 году его преобразовали в филиал Государственного музея декоративного искусства «Оружейная палата» (с 1924 года — «Объединённый музей декоративного искусства»).
В марте 1932 года постановлением Секретариата ЦИК СССР и приказом № 134 по Наркомпросу РСФСР «Музей боярского быта XVII века» стал филиалом Государственного исторического музея.
В 1941 году, после начала Великой Отечественной войны, экспозицию палат разобрали, а музей закрыли. Его помещения до 1951 года сдавали в аренду различным организациям и частным лицам.
В 1958–1960 годах был проведён капитальный ремонт здания с перепланировкой. Помещения первого и второго этажей были соединены тёплым коридором, устроена лестница (авторы проекта: архитектор И.Г. Сахарова, инженер Н.С. Маколов).
С 1963 года музей назывался «Музей фондовых выставок ГИМ», ныне он называется «Палаты бояр Романовых».
Благодаря реставрации, осуществлённой в 1984–1992 годах под руководством архитектора И.И. Казакевич (13-я мастерская Моспроекта-2), удалось выявить, сохранить, по-новому осознать и восстановить то, что сделал Ф.Ф. Рихтер с палатами в середине XIX века. Это стало возможным потому, что в процессе работ были обнаружены новые данные, позволившие развеять его печальную славу фальсификатора. Традиционный взгляд на деятельность Ф.Ф. Рихтера изменился, и теперь его работа по возобновлению этих палат считается положительным опытом научной реставрации в России.
Задачей реставрации было восстановить в нижних этажах — в подвале и подклете — архитектуру XVI века с максимальным раскрытием подлинных частей, показом белокаменных и кирпичных кладок, а в парадном этаже и тереме — восстановить все детали реставрации середины XIX века на основе проектов Ф.Ф. Рихтера, старых фотографий и сохранившихся фрагментов резьбы. Предполагалось восстановить по натурным остаткам полы из дубовых «кирпичных» плиток, штофные обои в столовой палате, обивку тиснёной кожей кабинета боярина, сложную резьбу дубовых подоконников. Возобновлению подлежала и обшивка стен терема узорными досками. Была воссоздана и первоначальная окраска на основании зондажей. Были воссозданы утраченные детали кровли. На восточной стороне палат, под балконом, расчистили закладную доску, установленную в XIX веке. При археологических работах была обнаружена белокаменная капитель конца XV века.
