Здание Анатомического театра было возведено в числе первых построек для Московских Высших женских курсов (МВЖК), которые, в свою очередь, во второй половине XIX века были единственной возможностью для женщин получить высшее образование. Но важно отметить, что только в 1915–1916 учебном году Московским высшим женским курсам было предоставлено право проведения выпускных экзаменов и выдачи дипломов именно о высшем образовании.

Итак, курсы под руководством профессора В.И.Герье начали работать с 1 ноября 1872 года и располагались на Волхонке в 1-й мужской гимназии. Собственными зданиями МВЖК обзавелись только после того, как в 1906 году был выработан Устав, вводивший факультетскую структуру: историко-филологический, физико-математический и медицинский факультеты. Московская Городская Дума выделила земельный участок, и 3 июня 1907 года состоялась закладка учебных зданий по Малой Царицынской (ныне Малая Пироговская) улице. В 1907–1908 гг. были построены физико-химический корпус (ныне Московская академия тонкой химической технологии) и Анатомический театр (ныне Российский государственный медицинский университет имени Н.И.Пирогова, а также судебно-медицинский морг № 2). Строительными работами по Анатомическому театру руководил известный московский зодчий Сергей Устинович Соловьев. Там читались публичные лекции по анатомии человека и судебной медицине с демонстрационными вскрытиями.

Согласно первоначальному проекту, здание имело три этажа и представляло собой главный цилиндрический объем, к которому было пристроено небольшое по размерам прямоугольное строение. Центр цилиндрической части занимала лекционная аудитория. В остальных помещениях были секционные залы, оборудованный по всем правилам морг, библиотека, а также кабинеты для исследовательской деятельности и педагогической работы.

В последующие годы Анатомический театр неоднократно реконструировали, меняли планировку, надстраивали. Так, уже советское время к старому зданию с ротондой, выходящей в Хользунов (бывший Трубецкой) переулок, сделали пристройку, которая хорошо видна со двора: над торжественным портиком «читаются» цифры года окончания этой постройки – "МСМХХХVI". Автором пристройки был архитектор Н.И.Транквиллицкий. В 1990-х здесь соседствовали морг и чебуречная, что служило поводом для множества шуток.

Стремление расширить историческое здание было связано с увеличением количества кафедр медицинского факультета, что требовало дополнительных помещений для организации учебного процесса. И все же до сих пор на фасаде, в межоконном пространстве между третьим и четвертым уровнями, можно разглядеть старую надпись еще с буквами «i» и «ъ» – «Анатомическiй театръ».

Анатомический театр – выявленный объект культурного наследия.