В 1834 году московская община евангелическо-реформатской церкви приобрела в Малом Трехсвятительском переулке участок земли (современное владение № 3) с находившимся на нем каменным жилым домом, построенным в конце XVIII века. Десять лет спустя архитектор В.А. Балашов перестроил здание, приспособив его помещения под ведение богослужений.
Сюда, на Ивановскую горку, кальвинисты переехали из Немецкой слободы. Там еще с 1694 года на углу Немецкой (ныне Бауманской) улицы и Голландского (ныне Денисовского) переулка стояла кирпичная реформаторская церковь, возле которой был похоронен знаменитый генерал Франц Лефорт, друг и соратник Петра I. Церковь сгорела в пожаре 1812 года. Некоторое время после этого, до переезда на новое место, службы велись в старом, частично отремонтированном здании.
Со временем число прихожан существенно выросло, и по заказу общины в 1865 году дом в Трехсвятительском был полностью перестроен по проекту архитектора Г.И. фон Ниссена. Фасад был решен в модном тогда эклектическом стиле. Над центральным входом с чугунным зонтиком, не сохранившимся до наших дней, появилось двухчастное «итальянское» окно во втором этаже, здание венчал фронтон над фризом. В 1898 году в главном зале был построен орган – работа известного немецкого мастера Эрнста Ревера. В настоящее время он состоит на учете как памятник истории и культуры.
Славилась церковь и своим органистом Г. Мюллером.
Среди прихожан были знаменитый фотограф М. Шерер и его компаньон П. Набгольц – издатели открыток с видами Москвы; банкир Ф. Юнкер.
В 1913‑1915 годах позади церкви фасадом на Большой Трехсвятительский переулок было выстроено трехэтажной здание реформаторского училища по проекту члена общины, известного архитектора А.Э. Эрихсона.
После революции большая часть прихожан эмигрировала из России, и здание в Тресвятительском переулке было передано евангельским христианам (в 1944 году объединившимся с баптистами). Долгие годы церковь оставалась единственным открытым местом для богослужений представителей протестантских конфессий Москвы. Например, после закрытия и сноса кирхи на улице Вознесенской (ныне улица Радио) в 1928 году здесь нашла приют лютеранская община святого Михаила.
В 1937 году часть служебных помещений у евангельских христиан отобрали и передали под общежитие. Расселить жителей удалось только в 1965 году путем приобретения для них трех кооперативных квартир на средства Всесоюзного Совета евангельских христиан-баптистов. В здании бывшего реформаторского училища была открыта средняя общеобразовательная школа, действующая и поныне.
В 1940 году по решению властей к евангельским христианам «подселили» Московскую общину адвентистов седьмого дня.
Через шесть лет в связи с существенным ростом прихожан была осуществлена перестройка молитвенного зала: вдоль его стен были выстроены галереи на 500 человек, балкон перед органом удлинили для размещения хора.
Летом 1972 года, во время своего визита в Москву, церковь посетил президент США Ричард Никсон.
До 2017 года свои богослужения здесь проводили адвентисты седьмого дня.
В настоящее время здесь располагается Московская Центральная церковь евангельских христиан-баптистов. В здании регулярно проходят концерты органной музыки.
