Некрополь Новодевичьего монастыря, основанного в 1524 году великим князем Московским Василием III, начал складываться в первое десятилетие после его основания. Одно из наиболее ранних дошедших до нашего времени захоронений — могила боярыни Ирины Ивановны Захарьиной, урождённой Тучковой-Морозовой, в иночестве Александры (ум. 1533), похороненной в северо-восточном углу монастырского кладбища. В алтарной части подклета Смоленского собора Новодевичьего монастыря нашли упокоение многие родственники царя Ивана IV Грозного, в том числе его старшая дочь, царевна Анна Ивановна (1549–1550).
У восточной стены Смоленского собора, под стеклянными витринами, сохраняются два белокаменных надгробия XVI века. Здесь была похоронена первая настоятельница Новодевичьего монастыря, в 1524–1547 годах, Елена (Агриппина) Семёновна Девочкина, прославленная Русской православной церковью как местночтимая святая преподобная Елена Московская. Рядом находится захоронение настоятельницы монастыря в 1556–1573 годах — Евникии.
Непосредственно в соборе покоятся и сёстры Петра I: царевна Софья Алексеевна, благодаря которой монастырь приобрёл в годы её правления свой архитектурный облик, близкий к современному, а также царевны Евдокия и Екатерина Алексеевны. Там же похоронена и первая супруга Петра I, бывшая царица Евдокия Фёдоровна, урождённая Лопухина.
Территория московского Новодевичьего монастыря, по крайней мере с начала XIX века, служила местом захоронения не только его насельниц, но и представителей видных дворянских фамилий, а позднее — и московской профессуры. Вокруг собора и храма Успения Пресвятой Богородицы были похоронены тысячи знатных и известных москвичей. На монастырском кладбище нашли последний приют более ста активных участников и свидетелей событий Отечественной войны 1812 года. Известны захоронения 88 друзей, знакомых и родственников А.С. Пушкина на территории монастыря; до наших дней дошло около 16 их надгробий, главным образом находящихся рядом с собором.
На территории монастыря похоронены военный министр, генерал-фельдмаршал граф Д.А. Милютин, бывший Верховный главнокомандующий, генерал от кавалерии А.А. Брусилов, генералы граф С.С. Апраксин, А.Ф. Багговут, князь Д.М. Волконский, Д.В. Давыдов, А.М. Зайончковский и другие, меценат Ю.С. Нечаев-Мальцов, генерал и обер-прокурор Синода граф А.П. Толстой, московский генерал-губернатор П.А. Тучков, историк С.М. Соловьёв, его сын, философ В.С. Соловьёв, филолог Ф.И. Буслаев, писатели И.И. Лажечников, М.Н. Загоскин, А.П. Чехов, впоследствии перезахороненный на новом Новодевичьем кладбище, устроенном в 1904 году за южной стеной монастыря, драматург князь А.А. Шаховской, философ Л.М. Лопатин и многие другие.
К началу XX века на территории, огороженной монастырскими стенами, насчитывался 2811 надгробный монумент представителей самых разных сословий.
После закрытия монастыря в 1922 году его территория со всеми постройками и имуществом перешла в ведение Главмузея Народного комиссариата просвещения РСФСР. Постепенно началось разрушение его некрополя, несмотря на то что монастырское кладбище ещё оставалось действующим.
На рубеже 1920–1930-х годов подавляющее большинство памятников на кладбище было уничтожено. При «реконструкции» пощадили в основном могилы крупных деятелей культуры, декабристов и членов их семей. При этом кресты с большинства надгробий были сбиты.
Из-за того, что в ходе уничтожения некрополя в 1930 году был снесён крест на могиле В.С. Соловьёва и возникла опасность, что его могила может затеряться или быть ликвидированной, апостольский администратор Ватикана в Москве П. Неве начал хлопотать о перенесении его останков в Италию, получив на это санкцию папы Пия XII. Однако в 1933 году крест на могиле В.С. Соловьёва всё же был восстановлен, поэтому хлопоты о перенесении останков были прекращены. Кроме того, в 1934 году, после передачи Новодевичьего монастыря Государственному Историческому музею, началась работа по приведению некрополя в порядок.
В 1950-х годах крест на могиле В.С. Соловьёва всё же заменили новым памятником, материалом для которого стало одно из бесхозных надгробий. Его распилили вдоль, и затем одну из частей установили над могилой Соловьёва. Второй фрагмент был поставлен на соседней могиле — матери философа и его сестры, поэтессы Поликсены (псевдоним Allegro).
Бережное отношение к историческому некрополю в ходе ремонтно-реставрационных работ, проведённых в 2024 году, позволило уточнить его границы, датировки, сами конструкции и их состояние.
В процессе восстановления художественных надгробий были проведены демонтаж плит основания, переборка и выравнивание памятников, в отдельных случаях, расчистка поверхности камня и металла от всех видов загрязнений и продуктов коррозии, уплотнение патины бронзовых элементов памятников, структурное укрепление поверхности, инъектирование и мастиковка трещин и сколов, восполнение больших утрат камня методом вставки, воссоздание утраченных элементов, расчистка и заделка швов, биоцидная обработка и гидрофобизация поверхности памятников, абразивная обработка поверхности камня, полирование.
Были проведены реставрация мозаики, тонирование и золочение текста. Отреставрированы металлические ограды. Всего на территории некрополя Новодевичьего монастыря было отреставрировано 72 надгробия.
