Небольшой белокаменный храм, хорошо заметный на фоне высотного корпуса Московского областного научно-исследовательского клинического института имени М.Ф. Владимирского (МОНИКИ), дал имя Трифоновской улице. Некогда в этих местах находилось великокняжеское село Напрудное, к XVII веку ставшее пригородной слободой. Село называлось по протекавшей здесь речке Напрудной. На старых планах видно, что церковь стояла на невысоком холме, со всех сторон окруженном водой. К нашему времени местность сильно изменилось: давно уже нет прудов, речка течет по подземному коллектору, вокруг старинной церкви поднялись многоэтажные дома.
Трифоновская церковь — одноглавый бесстолпный одноапсидный центрический храм, перекрытый крещатым сводом. Конструкция сводов определила трехлопастное завершение фасадов, на которых средняя закомара возвышается над боковыми и имеет килевидную форму. Три дверных проема оформлены перспективными порталами с килевидными завершениями. С восточной стороны к зданию примыкает полукруглая апсида. Внутри алтарь отделен от основного пространства глухой стеной с двумя проемами — для царских врат и северных дверей. Храм увенчан глухой шлемовидной главой с кокошниками в основании. Над юго-западным углом восстановлена однопролетная звонница. Стены храма сложены из белого камня, своды и барабан купола — из кирпича.
Строительство Трифоновской церкви не нашло отражения в письменных источниках. Книги патриарших приказов упоминают о ней только с 1620-х годов, хотя очевидно, что к тому времени храм уже давно существовал. Об основании храма повествует легенда, записанная в XIX веке. Молодой боярин Трифон Патрикеев, служивший сокольничим у царя Ивана Грозного, упустил во время охоты любимого царского сокола. Разгневанный царь дал ему три дня на возвращение драгоценной птицы. Боярин объехал все окрестные леса, но срок подходил к концу, а разыскать сокола не получалось. Утомленного и отчаявшегося боярина в лесу сморил сон. Ему явился мученик Трифон на белом коне и с соколом, который сидел у него на руке. Проснувшись, Трифон Патрикеев увидел на сосне царского сокола, легко подманил его и отвез царю. В благодарность за чудесную помощь боярин построил на том месте сначала деревянную часовню, а затем и каменный храм, который существует поныне.
Среди историков архитектуры нет единого мнения о том, когда именно была построена Трифоновская церковь. Дореволюционные исследователи обычно датировали ее XV–XVI веками. Более определенные гипотезы появились после детального изучения и реставрации храма уже в советское время. Архитектор-реставратор Л.А. Давид предположил, что церковь была построена между 1479 и 1492 годами. Первая дата объясняется тем, что сочетание двух строительных материалов — белого камня и кирпича — впервые в Москве применил Аристотель Фиораванти при возведении кремлевского Успенского собора, который был освящен в 1479 году. Вторая дата взята из надписи на плите в стене Трифоновской церкви. В ней говорится о погребении неизвестного лица в 1492 году. Но не все исследователи согласились с этими аргументами. Сегодня большинство специалистов относят строительство церкви к середине — второй половине XVI века, то есть ко времени правления Ивана Грозного. Впрочем, и эту датировку нельзя считать твердо установленной.
По-видимому, на рубеже XVII и XVIII веков Трифоновская церковь была перестроена, так как в 1703 году был выдан новый антиминс для ее повторного освящения. Тогда внешний вид старинного храма изменился. Были пробиты новые широкие окна, вместе позакомарного покрытия устроили четырехскатную кровлю, барабан главы частично разобрали и поставили на него высокую декоративную главку. Возможно, тогда же был пристроен придел во имя святого Николая Чудотворца. После этого облик церкви долгое время оставался неизменным. Трифоновский приход считался бедным, у него не хватало средств на содержание храма и причта, не говоря уже о серьезных строительных работах.
Важным событием в истории храма стало появление в нем святыни — мощей мученика Трифона, переданных по распоряжению императора Александра I в 1819 году. Еще в 1803 году московский серебряных дел мастер Трифон Добряков предложил изготовить за свой счет раку для реликвий святого Трифона, которые хранились в Черногории. В качестве поощрения черногорский митрополит прислал ему три частицы мощей, которые мастер долгое время хранил у себя, а впоследствии преподнес императору. Вскоре после того ,как мощи мученика появились в Трифоновском храме, впервые за долгое время был проведен ремонт и сделаны пристройки — в 1825 году возвели небольшую трапезную с теплым Никольским приделом, в 1839 году — увенчанную шпилем колокольню.
Со временем святыни Трифоновской церкви стали привлекать богомольцев. Из года в год их число только увеличивалось. Получила известность не только икона с мощами мученика, но и фреска, выполненная в конце XVI — начале XVII века на наружной стене апсиды. Она изображала святого Трифона с соколом на белом коне. В 1861 году храм расширили пристройкой второго придела, освященного во имя святого Филарета Милостивого, небесного покровителя митрополита московского Филарета (Дроздова). Вскоре митрополит назначил в Трифоновскую церковь деятельного протоиерея В.Г. Назаревского. Новый настоятель организовал ежедневное служение, привлек внимание благотворителей и тем значительно улучшил положение храма. Была вновь перестроена и расширена трапезная, появились новые иконостасы и росписи, храм обнесли каменной оградой и построили дома для церковного причта. Благоустройство храма сильно изменило его старинный облик. Писатель граф А.К. Толстой с негодованием отзывался об этом в письме императору Александру II: «Прелестную маленькую церковь Трифона Напрудного... облепили отвратительными пристройками».
Вопреки мнению ценителей старины, церковный причт и благотворители продолжали перестраивать храм. В 1889–1892 годах по проекту архитектора П.П. Зыкова рядом со старой колокольней была возведена новая — трехъярусная, в русском стиле, увенчанная пятью главами. Затем по проекту Г.А. Кайзера колокольню соединили с древним храмом обширной трапезной, которая была увенчана массивным восьмериком и снаружи выглядела как настоящий храм. Никольский придел в новой трапезной освятили в 1896 году, Филаретовский — в 1898 году. Старинная церковь стала казаться не слишком удачной пристройкой к монументальному храму в русском стиле.
Несоответствие между скромными формами древней церкви и пышным убранством трапезной и колокольни, которые значительно превосходили её по размерам, в конце концов стало очевидным и для церковного причта. В 1912 году архитектор Ф.И. Шехтель выполнил проект реконструкции церкви в неорусском стиле с воссозданием позакомарного покрытия. Однако этому решительно воспротивилась Археологическая комиссия. По её заключению, реставрация храма была преждевременной и могла только внести дополнительные искажения в его облик. Пришлось ограничиться работами в интерьере: установили новый иконостас, выполнили росписи. Деревянную часовню-сень над чудотворной фреской святого Трифона собирались заменить капитальным сооружением, но из-за возражений специалистов это не было сделано.
Научное изучение Трифоновской церкви началось в 1920-х годах, когда храм еще действовал. Благодаря исследованиям П.Д. Барановского и Д.П. Сухова стало понятно, как первоначально выглядело здание, какие изменения оно претерпело на протяжении веков. Однако полноценная реставрация стала возможна только после закрытия храма в начале 1930-х годов, когда все пристройки были разрушены. Главные святыни Трифоновской церкви удалось сохранить. Икона мученика Трифона с частицами мощей находилась в разных храмах, с 1936 года она хранится в церкви Знамения в Переяславской слободе (близ станции метро «Рижская»). В этой же церкви находится икона святого Филарета Милостивого, также перенесенная из Трифоновского храма. Фреска с изображением мученика Трифона в 1934 году была снята со стены, отреставрирована и передана в Третьяковскую галерею.
Начало реставрации Трифоновской церкви было положено в 1936 году П.Д. Барановским, который снял четырехскатную кровлю и исследовал перекрытия храма. В 1947–1948 годах под руководством его ученика Л.А. Давида зданию был возвращен исторический облик: восстановлены позакомарное покрытие, барабан со шлемовидной главой и звонница, первоначальная форма порталов и оконных проемов. Церковь была принята под государственную охрану и внешне поддерживалась в порядке, но доступа в нее не было: МОНИКИ использовал старинное здание как склад.
В 1992 года в Трифоновской церкви вновь стали совершаться богослужения. Собственного причта храм не имеет и приписан к церкви Знамения в Переяславской слободе.
