Церковь Флора и Лавра была основана на Зацепе в 1625 году, когда ямщики переселились сюда с Полянки, создав Коломенскую-Ямскую слободу. Ямщики почитали святых Флора и Лавра, так как они считались покровителями домашних животных, особенно лошадей. Первоначально церковь была деревянной, но она сгорела в 1738 году.
На её месте в 1739 году построили новый каменный храм, освящённый в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость». В XIX веке здание перестроили в стиле ампир. В 1835 году архитектор Константин Орденов перестроил колокольню, приделы и трапезную, а в 1861–1862 годах изменился и основной объём здания. В 1909 году добавили западные притворы.
В первые десятилетия советской власти храм использовали как склад церковных ценностей. В 1937 году службы прекратились, а здание превратили в фабрику металлографических и гравёрных работ. Вибрация оборудования и химические испарения нанесли серьёзный вред стенам и оставшимся росписям. В 1957 году были разрушены верхние ярусы колокольни. Лишь в 1991 году церковь вернули Русской православной церкви.
Восстановительные работы в храме начались в 1995 году. Были восстановлены барабан и главка, а также верхние ярусы колокольни. Были демонтированы перегородки, разделявшие храм на фабричные цеха.
В 2015–2016 годах на фасадах колокольни, притворов и трапезной выполнили реставрационные работы. Особое внимание уделили восстановлению кровли купола, реставрации «бухтящей» штукатурки стен и расчистке фасадных лепных деталей и белокаменных профилей. Восстановили северную и южную паперти храма, сохранив подлинные каменные ступени.
Кровля купола и колокольни была не только очищена и окрашена, но также восстановлены утраченные декоративные элементы. Реставрация белокаменных колонн и портиков включала замену разрушенных блоков и восстановление швов кладки.
Работы также включали восстановление лепного декора, белокаменной кладки колонн и архитравов, замену столярного заполнения оконных проемов и восстановление каменных плит полов. Одним из финальных этапов стало воссоздание монументальной живописи.
За высокое качество реставрационных работ церковь Флора и Лавра на Зацепе стала лауреатом конкурса «Московская реставрация — 2016».
Сегодня церковь Флора и Лавра действует как храм Русской православной церкви, привлекая не только прихожан, но и многочисленных гостей Москвы.
