Станция открыта 15 мая 1935 года в составе первого пускового участка Московского метрополитена — «Сокольники» — «Парк культуры» с ответвлением «Охотный ряд» — «Смоленская».
Первоначальное название станции – «Кировская» по находившейся здесь улице Кирова (ныне — Мясницкой), названной в честь государственного и партийного деятеля СССР Сергея Мироновича Кирова (1886—1934). В 1990 году переименована в «Чистые пруды».
Одна из двух станций метро начального периода его строительства (наряду с «Дзержинской», ныне «Лубянкой»), при строительстве которых в 1930-е годы не удалось преодолеть экстремальные гидрогеологические условия (например, плывуны, характерные для московских почв) и вплоть до 1970-х годов не имевших центрального зала (из аванзалов выход осуществлялся сразу на боковые платформы). Оформление стен боковых станционных залов было призвано создавать иллюзию наличия полноценного центрального зала и проходов в него.
К южному распределительному залу примыкает эскалаторный наклон, строительство которого было одним из самых сложных этапов работ на станции, ведь эскалаторный тоннель огромного диаметра должен был пересечь мощные слои плывунов. После долгих размышлений было принято решение применить для работ метод замораживания с помощью наклонных скважин.
По воспоминаниям А.Г. Танкелевича, руководителя шахты, условия строительства были невероятно тяжелыми, но «в очень короткий срок мы организовали сквозные (круглосуточные) бригады из лучших людей шахты. Мы создали для этих людей хорошие бытовые условия, перестроили зарплату по принципу прогрессивной сдельщины. Мы организовали дело так, что каждый рабочий, входивший в бригаду, знал, где он будет работать в течение всего месяца, что и как будет делать и сколько будет получать за свою работу. Мы вовлекли всех основных рабочих в социалистическое соревнование. И наконец мы по решению Московского комитета партии организовали на шахте малую механизацию бетонных работ, которая дала блестящие результаты».
«Кировская» - самая глубокая станция первой очереди. Во время Великой Отечественной войны на ней размещались отделы Генштаба, базировавшегося здесь же, на улице Кирова, и штаб ПВО (противовоздушной обороны). Платформы были загорожены фанерными стенами, поезда проходили станцию без остановки. А в помещениях под платформами были обустроены кабинеты Верховного Главнокомандующего И. В. Сталина и начальника Генштаба.
Своды станционного зала поддерживают два ряда массивных спаренных пилонов, облицованных светлым уральским мрамором «коелга» и дымчатым мрамором «уфалей». Опоры свода скрыты широкими карнизами, за которыми размещены светильники. Пол выложен серым и розовым гранитом (до 1972 года покрытие было асфальтовым). По задумке архитектора Н.Я. Колли оформление станции должно было создать впечатление лёгкости, чтобы на пассажиров не давили своды и осознание того, что они находятся глубоко под землёй под толщей почв. «Задача, поставленная перед нами на станциях глубокого заложения, была гораздо труднее: огромному давлению земли пришлось противопоставить здесь такие мощные, тяжелые конструкции, что создать впечатление легкости и радостности в этих условиях было чрезвычайно трудно», - вспоминал позднее архитектор.
В 1947 году на станции впервые в столичном метро установили люминесцентные лампы вместо ламп накаливания.
При реконструкции станции на рубеже 1960-1970-х гг. метростроевцы, обогащенные опытом строительства в сложных московских геологических условиях, смогли пробить проходы между пилонами (столбами большого сечения, служащими опорой для плоских или сводчатых перекрытий) в сооружённый в 1971-м году центральный зал, из которого был проложен переход на станцию «Тургеневская». Архитектурно-композиционное решение станции, отделка пилонов проходов при реконструкции были бережно сохранены. Фрагменты первоначального оформления отличаются более низким сводом с рельефными узорами, отсутствующими в новом зале, а новые арки проходов между пилонами немного ниже старых.
До сооружения перехода на станцию «Сретенский бульвар» у торцевой стены находился бронзовый бюст С. М. Кирова, в честь которого долгое время называлась станция (автор — М. Г. Манизер). Сейчас бюст находится в переходе со станции «Сретенский бульвар» на станцию «Тургеневская». Путевые стены облицованы светло-серым мрамором (до 1997 года — белой керамической плиткой), снизу — чёрным гранитом.
Наземный вестибюль имеет кубическую форму, такая же форма была у первых вестибюлей станции «Комсомольская» (Северный выход) и «Смоленская». Однако, до нашего времени эти вестибюли не сохранились. Вестибюль станции «Чистые пруды» - единственный вестибюль такого типа, сохранившийся до наших дней.
Так же вестибюль станции один из немногих, на котором сохранилась старая вывеска «МЕТРО».
