Домовладение образовалось в 1825 году, отпочковавшись от усадьбы, принадлежавшей до войны 1812 года семье Соковниных, а еще раньше – старинному роду Бестужевых-Рюминых. Поместье включало в себя двухэтажный каменный дом, сад и ряд служебных помещений. В начале 1810-х годов в усадьбе гостил молодой поэт Василий Жуковский.

Существенные изменения в истории дома произошли в 1903 году, когда Московское Торгово-строительное акционерное общество выкупило владение у ее тогдашнего владельца, мещанина Федора Стрельцова. Крупная домостроительная фирма, основанная в 1899 году предпринимателем Яковом Рекком, была создана «для приобретения, постройки, перестройки и эксплуатации преимущественно в Москве и ее окрестностях домов с целью предоставления больших жизненных удобств, а также для производства всякого рода строительных материалов и торговли ими». Рекк, будучи директором-распорядителем, хотел украсить Первопрестольную «стильными домами, которые, имея технические удобства западноевропейских городских строений, в то же время не убивали бы национального колорита Москвы». Его компания сотрудничала с известными московскими архитекторами, - Сергеем Шервудом, Вильямом Валькотом, Львом Кекушевым, Иваном Фомиными Густавом Гельрихом.

После того, как старая застройка была снесена, на ее месте вырос 6-этажный доходный дом, построенный по проекту выдающегося архитектора Льва Николаевича Кекушева, чей стиль перекликается с ранним модерном Виктора Орта, одного из основателей франко-бельгийского стиля ар-нуво. В 1906 году особняк был продан петербургскому купцу Ивану Исакову, сменившему Рекка на посту главы Московского торгово-строительного акционерного общества. Здание так и останется в истории столичной архитектуры как «Доходный дом Исакова».

Проект архитектора Кекушева — один из лучших образцов модерна в Москве. Классическая трехчастная композиция (боковые оси - эркеры, а центр - лоджия с балконами) блестяще «разыграна» в стиле модерн, с присущейему динамичностью, гибкостью и выразительностью. Лепной декор придает верхнему этажу вид декоративного фриза, в центре которого помещено круглое слуховое окно в обрамлении двух женских фигур. Они держат в руках книгу и факел, словно подсвечивая саму идею просвещения. Обрамляет фасад мощный карниз криволинейной формы. Первоначально на кровле размещалась скульптура, теперь она утрачена. Примечательно, что оконные переплеты на каждом этаже имеют свой уникальный рисунок. Парадная лестница расположена в центре здания, разделяя его на две части, которые смещены по отношению друг к другу на пол-этажа, что позволило использовать все лестничные площадки для входов в квартиры, а также возвести в задней части дома дополнительный шестой этаж.

Исаков владел доходным домом до революции, и даже сам какое-то время жил в одной из квартир. В этом же доме в 1907 году снимал жилье и архитектор Кекушев, поселившийся в квартире № 9 после размолвки с женой. Еще через пару лет, когда особняк на Остоженке, в котором Кекушев проживал с женой и детьми, будет продан, знаменитый архитектор вновь переедет в доходный дом Исакова вместе со всем своим семейством.

После национализации дом остался жилым. Поскольку просторные квартиры были превращены в коммуналки, к середине 1920-х годов в здании проживало 365 человек.

Доходный дом Исакова на Пречистинке – раритетный архитектурный объект, который на протяжении всего своего существования оставался верен своей «первородной» миссии, функционируя в качестве жилого пространства. Здание, которое до сих пор служит как жилой дом, имеет статус объекта культурного наследия федерального значения.