В 1872 году усадьбу Котовых приобрёл Густав Иванович Лист (1835–1913), впоследствии коммерции советник и купец 1-й гильдии, организовавший здесь в 1874 году завод по производству насосов и пожарного инвентаря — Софийский механический завод. В 1880 и 1884 годах Г.И. Лист скупил соседние владения и расширил территорию завода до Болотной площади.
В 1870-х годах по распоряжению Г.И. Листа началось строительство новых заводских корпусов. Тогда же на пилонах въездных ворот рядом с главным домом были установлены скульптуры мастеровых: кузнеца и литейщика. В 1897 году предприятие Г.И. Листа превратилось в акционерное общество, включавшее в себя три завода, расположенные в разных местах, одним из которых был Софийский.
Во время Первой мировой войны Софийский завод Г.И. Листа получил подряд на изготовление снарядов для действующей армии. Фирма к тому времени находилась уже в руках сыновей Г.И. Листа — Николая и Александра.
В советское время национализированный завод получил название «Завод № 5», затем назывался «Гидрофильтр», позднее — «Красный факел». После Великой Отечественной войны на территории завода расположилось Центральное конструкторское бюро холодильного машиностроения ВНИИ «Холодмаш», позднее преобразованное во Всесоюзный научно-исследовательский проектно-конструкторский и технологический институт холодильного машиностроения (ныне — Акционерное общество «ВНИИХОЛОДМАШ»). На заводе стали проектировать и изготавливать промышленное холодильное оборудование.
В основе здания — двухэтажные палаты, условно датированные началом XVIII века. Однако белокаменная кладка стен подвала позволяет предполагать их более раннее происхождение.
Во время Отечественной войны 1812 года усадьба пострадала от пожара, но главный дом не горел. Тем не менее после войны, при восстановлении усадьбы к 1817 году, он был основательно перестроен. Западное крыло разобрали, оставив лишь крайнее помещение с подвалом, сохранившееся до наших дней. К юго-западному углу основного объёма пристроили лестницу, симметричную парадной. Часть здания надстроили антресольным этажом, изменили ритм и количество оконных проёмов. В 1860-х годах здание было ещё раз основательно перестроено: возвели западное крыло по набережной, а вся постройка получила существующее архитектурное оформление в стиле ампир.
Новая страница в истории усадьбы началась в 1872 году, когда её приобрёл Г.И. Лист. Он поселился в главном доме усадьбы, используя второй этаж под квартиру, а первый этаж и подвал — под заводскую контору и склады. В 1874 году главный дом был отремонтирован с частичной внутренней перепланировкой. В 1877 году пристройка у южной части здания была снесена и заменена новой, с остеклённым балконом-верандой.
Во время Гражданской войны сыновья Г.И. Листа ещё жили в главном доме, но большинство комнат превратились в контору завода и были заняты заводским комитетом. Позднее здание использовалось заводом в административных целях.
К началу XXI века главный дом усадьбы находился в плачевном состоянии. Из-за регулярных подтоплений был сильно разрушен фундамент. Ключевую роль в судьбе усадьбы сыграли специалисты Госинспекции по недвижимости, которые провели оценочные работы и обосновали необходимость включения исторического здания в список объектов приоритетного восстановления. Поскольку здание находилось в аварийном состоянии, обследования проходили с использованием современных технологий. Робот в виде собаки взял на себя эту опасную миссию.
В октябре 2017 года в бывшем главном доме усадьбы и здании заводской конторы ООО «ПФ-Градо» начало масштабные реставрационные работы по заказу ООО «Меганом». Главный конструктор Е.И. Николаева, главный инженер проекта Н.А. Кононенко, главные архитекторы проекта И.Д. Галкина и Н.Ю. Козлова поставили перед собой задачу не только восстановить историческое здание, но и вернуть ему первоначальный облик.
В ходе работ были отреставрированы фасады главного дома и восстановлен декор. Утраченные элементы воссоздали по сохранившимся фрагментам и архивным материалам. Реставраторы обнаружили и восстановили исторические оконные и дверные проёмы. Обветшавшую кровлю заменили, сохранив её историческую конфигурацию. Покрытие из листового железа, водосточные трубы и воронки воссоздали по архивным материалам.
Особое внимание было уделено восстановлению исторической планировки здания. Специалисты привели в порядок парадную лестницу, а декоративное убранство восполнили по аналогии с выявленными фрагментами декора на сохранившихся участках стен.
Одним из самых интересных этапов реставрации стало восстановление скульптур литейщика и кузнеца, украшавших пилоны ворот парадного входа. В 2001 году эти скульптуры были сняты и обнаружены только в ходе реставрационных работ в 2019 году в историческом здании заводского корпуса. Мастера тщательно очистили скульптуры, заделали трещины и разошедшиеся швы. Все утраченные элементы были восполнены: для фигуры кузнеца воссоздали молоток и часть наковальни, а литейщику вернули утраченные кисти рук, ступни и детали одежды.
Сегодня отреставрированный главный дом городской усадьбы предстаёт как уникальный памятник архитектуры, соединивший в себе черты XVIII–XIX веков. Восстановленные фасады, исторические интерьеры и отреставрированные скульптуры «Литейщик» и «Кузнец» на воротах делают его заметной частью Софийской набережной.
Высокое качество проведённых работ было отмечено профессиональным сообществом: в 2022 году усадьба стала лауреатом конкурса Правительства Москвы «Московская реставрация» как лучший проект реставрации и приспособления к современному использованию объекта культурного наследия. Ныне она входит в состав жилого комплекса «Золотой, жилой квартал».
