Впервые церковь святого Великомученика Георгия Победоносца упомянута в 1612 году как деревянная. На смену ей в 1653 году пришёл каменный храм, главный престол которого был освящен в честь Рождества Богородицы. Один из двух приделов был освящен во имя святого Георгия, что позволило по-прежнему называть храм Георгиевским. В 1680-х годах были выстроены новая трапезная и Никольский придел.
Церковь выстроена в традициях русского узорочья середины XVII века: фасады её главной части обильно декорированы окнами с затейливыми наличниками разной формы – каждый из них выполнен по-своему и не повторяется. Окна трапезной и приделов оформлены в стиле московского барокко – наличники окон завершены гребешками. Традиционное пятиглавие покоится на двух рядах декоративных кокошников. Соседство с Москвой-рекой было для церкви весьма беспокойным: во время сильных паводков церковь постоянно подтапливалась. В 1786 году результатом сильного наводнения стало обрушение церковной колокольни, в несколько метрах от которой проходил засыпанный ныне Егорьевский канал, соединявший Водоотводный канал с Москвой-рекой. Новую колокольню в 1806 году построили со стороны Садовнической улицы на средства Павла Григорьевича Демидова, представителя богатейшей фамилии промышленников – владельцев уральских заводов. Последнее крупное наводнение, произошедшее в 1908 году, едва не уничтожило храм, – только неотложные работы, организованные старостой Ефимом Ермиловичем Приваловым, смогли спасти её от обрушения.
Храм был закрыт в 1935 году, после чего его здание перешло к НКВД, а затем превратилось в общежитие Метростроя.
Лишь в 1970-х годах была проведена реставрация, в результате которой храм вновь обрёл свой исторический облик. В нем, правда, разместился производственный цех, а бывшие церковные дома, окружавшие храм, были снесены. Внутри после реставрации находился запасник дирекции выставок Художественного фонда СССР, колокольня же перешла к управлению Минмонтажспецстроя. И только в 1992 году храм был передан верующим, вскоре при нём было создано подворье Спасо-Преображенского Соловецкого монастыря.
